Более всего занимали исследователей подводные развалины в районе современного курорта Койсары, в урочище, носящем то же название, на восточном берегу озера. Поражало, что здесь, в прибрежной полосе, в изобилии находились обожженные кирпичи и черепки глиняной посуды, указывавшие на существование значительного поселения в прошлом. На побережье озера исследователи не раз обнаруживали остатки зданий. Находили также жернова, куски стекла, различные монеты, медные вещи и прочее. От местных рыбаков были получены сведения о существовании каких-то стен на дне озера. Вот эти-то развалины и получили особо громкую известность — изучение их представляло большой интерес для науки, но в те времена они были недоступными исследователям, так как находились под водой. Вокруг этих развалин разгорелся научный спор. Одни исследователи утверждали, что, ведя наблюдение с лодок, они ясно видели на дне кирпичные стены, составлявшие отдельные здания и даже целые кварталы улиц. Другие же говорили, что так называемые стены есть лишь плод богатого воображения и что в действительности это гряды сланцевых пород.
Решить, кто был прав, так и не смогли. Ведь найти одно и то же место на дне озера двум различным людям в разное время очень трудно, и то, что увидел один, другой мог проглядеть.
Подводные развалины находили также при устье реки Тюп на северо-восточном побережье, в районе селения Туроайгыр и деревни Чон-Койсу (Курское) на северном берегу.
Тут снова возникли разногласия: одни считали остатками города Чи-гу развалины в устье Тюпа, другие — развалины в районе Койсары.
Академик В. В. Бартольд, посетивший озеро в 1893/94 году, обнаружил у Койсары кирпичи с остатками глазури и кусок стены здания с чисто мусульманским орнаментом, а это говорило о том, что развалины относятся не к эпохе усуней, а к значительно более позднему времени — средним векам. Кроме того, как утверждал Бартольд, усуни были кочевым племенем, поэтому у них не могло быть значительных оседлых поселений, тем более городов с фундаментальными кирпичными постройками.
По мере того как все новые исследователи появлялись на Иссык-Куле, росло количество обнаруженных ими различных археологических памятников. Кроме подводных развалин, каменных изваяний и отдельных предметов домашнего обихода, тут нашли наземные остатки крепостей и поселений, земляные и каменные сооружения из кирпича, курганы и могильники, старые мусульманские кладбища с загадочными письменами на надгробных плитах и христианские кладбища, отдельные камни с надписями, остатки оросительных сооружений — так называемые «калмыцкие» арыки, человеческие кости, кости мамонта и наскальные рисунки. Одним словом, целый музей древностей.
