Однако уже очень скоро возродившаяся было активность угасла. Прогулки становились все более редкими, выезды в экипаже прекратились, сад уже не доставлял ему радости. Второй период болезни Наполеона на острове Св. Елены клинически четко отделен от первого, приходящегося на время с октября 1817 года по ноябрь 1819 года. Второй период начинается в октябре 1820 года. В этом месяце возобновились сильные боли в эпигастрии, но на сей раз они однозначно локализовались в области желудка. У больного было ощущение, что его ударили в живот ножом. Он принимал только легкую горячую пищу. По словам камердинера, его пища состояла в основном из макаронных блюд, мясного студня, муссов, молока и хлеба. Теперь Наполеон по собственной инициативе принимал пищу мелкими порциями много раз в день, иногда и по ночам, потому что именно в это время боль в желудке мучила его сильнее всего. Прием пищи и горячие компрессы на живот приносили ему видимое облегчение.
По сообщению Монтолона, больной с течением времени приобретал ужасающую бледность, в особенности это касалось слизистых рта, губ и ногтей, которые почти совершенно утратили цвет. Руки и ноги его были холодны, причем последние до середины бедер утратили чувствительность. Все попытки согреть их путем укутывания в горячие полотенца оставались тщетными. Малейшее физическое напряжение тут же лишало его сил. 5 декабря 1820 года обеспокоенный Монтолон записывает: «Болезнь императора принимает дурной оборот. Он ослабел настолько, что даже отправление естественных потребностей совершенно лишает его сил». Даже один из английских офицеров охраны в отчете за 26 января 1821 года отмечал: «Лицо генерала Бонапарта бело, как лист бумаги. Он очень слаб, походка неуверенна, он сутулится, но все еще очень полон». Удовлетворительная упитанность Наполеона, на которую губернатор Хадсон Лоу указывал после того, как встретил его во время прогулки в экипаже, находилась в резком противоречии с очень опасным общим состоянием здоровья пациента, сообщения о котором и в последующие месяцы неизменно воспринимались с недоверием. Даже 6 марта 1821 года, всего за два месяца до смерти Наполеона, английский офицер характеризовал его как усталого, морально разбитого человека с бледными ввалившимися щеками и глубоко запавшими глазами. Однако и на сей раз отмечается полнота и большие размеры живота.
Боли в эпигастрии носили периодический характер, причем продолжительность пауз между приступами сокращалась. Боли стали настолько интенсивными, что во время прогулок в экипаже лошади должны были идти медленным шагом, потому что состояние Наполеона делало толчки экипажа совершенно для него непереносимыми. Подобно своим предшественникам доктор Антоммарки считал причиной этого состояния хроническое воспаление печени и назначил банки на плечо, которые, однако, ставил столь неумело, что на коже больного оставались ожоги. Понятно, почему при этой процедуре Наполеон предпочитал пользоваться услугами своего камердинера, а не врача.
