Его видения еще живы и зовут вперед. Теперь вместо Индии он идет из Дамаск и Алеппо, его конечная цель — Константинополь: «Я сокрушу Турцию и создам новую великую империю. Это сохранит мое имя для потомков». Его мысли постоянно вертятся вокруг грядущей славы, за которую его солдатам приходится платить муками, страданием и смертью и, более того, от солдат требуют, чтобы они испытывали от этого радость. Только после безуспешной осады Сен-Жан-д'Акра (Акко) наступило всеобщее отрезвление. Началось отступление на Каир — без дорог, без воды и с чумой в обозе. Больных и раненых бросали без долгих колебаний.
В Яффе Наполеон посетил чумной барак. Он намеревался выдать примерно тридцати больным чумой дозу опиума, для того чтобы облегчить их предсмертные страдания. Главный врач санитарного корпуса Никола Деженет отказался сделать это, сославшись на клятву Гиппократа. Позднее, оправдывая свой поступок, Наполеон написал: «В подобной ситуации я бы отравил собственного сына». Далее он пишет, что заболев чумой, сам бы потребовал оказать себе подобную предсмертную услугу. Спор с врачами продолжался и, в конце концов, стороны сошлись на лаудануме — болеутоляющем средстве, которое якобы даже спасло некоторых заболевших солдат от смерти. Позднее Гро, придворный живописец Наполеона, по его заказу создал идеализированную картину посещения им чумного барака в Яффе. Это творение вполне соответствует рассказам самого Наполеона, который, возвратившись в Каир с пятью тысячами оставшихся в живых солдат, повествовал о пережитых событиях «подобно арабскому сказочнику».
Он вполне отдавал себе отчет в том, что реализовать задуманный план — победоносной операцией на Востоке создать базу для дальнейшего возвышения в Париже — уже не удастся. По его ошвам, «карьера французской Восточной армии была закончена», начинать с этой армией осуществление его далеко идущих планов было бессмысленно, он не располагал даже достаточным количеством кораблей, для того чтобы увести жалкие остатки этой армии домой. Он быстро и без колебаний передоверил решение этих неблагодарных задач генералу Клеберу, сам же сел на корабль и отправился во Францию. К этому моменту Директория с трудом выбралась из очередного внутриполитического кризиса и вела войну против Второй коалиции, в которую входили Англия, Австрия и Россия. Эти события вынудили директоров изменить мнение о Бонапарте, и они уже с нетерпением ожидали его возвращения. Даже враждебная пресса высказывалась так: «Его египетский поход не удался, ну и что же? Тем не менее, его смелые начинания, кажется, способны вернуть нам мужество».
