По возвращении в 1859 году в Россию Драгомиров представил отчет и опубликовал несколько работ об австро-итало-французской войне. В этих работах Драгомиров, в частности, отметил значение нравственной стороны воспитания войск и даже выдвинул ее на первое место.
В январе 1860 года М. И. Драгомиров назначается адъюнкт-профессором тактики в Военной академии. Преподавательская деятельность его в академии совпала по времени с осуществлением коренных реформ в армии, явившихся составной частью буржуазных преобразований в государстве. Отмена крепостной зависимости, судебная и земская реформы сделали неизбежным превращение русской армии в массовую армию буржуазного типа. Этот процесс в основном был завершен к 1 января 1874 года — дню введения всесословной воинской повинности. Правда, долго и после этого, вплоть до Великой Октябрьской социалистической революции, в армии и флоте России сохранялись многие остаточные явления феодально-крепостнической системы.
В связи с преобразованиями в армии, введением новых видов вооружения стало необходимым коренным образом изменить тактическую подготовку войск. И одним из военных деятелей, не только понявших это, но и активнейшим образом осуществлявших требования времени в теоретических трудах и на практике, был М. И. Драгомиров. В 60-е годы появляются десятки его работ, опубликованных в военных изданиях и обративших внимание специалистов. Лекции, читавшиеся Драгомировым в эти годы в академии, также считались лучшими в стенах этого заведения. Драгомиров издает со своими комментариями знаменитую суворовскую «Науку побеждать». Обращение к наследию великого полководца было не случайным. Совершенствование вооружения, а вместе с этим и тактики боя требовало более высокой подготовки от воинов, давало больший простор для их самостоятельных инициативных действий. Методы подготовки войск Суворовым, в армии которого, по словам Драгомирова, любой солдат «узнавал и практически и теоретически боевое дело лучше, чем теперь его знают в любой европейской армии в мирное время», могли считаться образцом и во второй половине XIX века, конечно, с учетом развития военной теории и техники. Сам же Драгомиров в комментариях к «Науке побеждать» замечает, что «Суворов видоизменял свою систему в зависимости от усовершенствования оружия».
В 1864 году М. И. Драгомиров производится в полковники и назначается начальником штаба 2-й Гвардейской кавалерийской дивизии, а в 1866 году, во время австро-прусской войны, направляется вновь в заграничную командировку военным представителем при прусской армии. Он публикует в «Русском инвалиде» в виде писем ряд очерков с театра военных действий, а по возвращении домой издает книгу об австро-прусской войне 1866 года. В ней Драгомиров очень точно и оригинально объясняет мысль, часто встречающуюся в других его произведениях, о роли человека в военном деле: «Усовершенствованное вооружение, хороший план, знание войсками техники дела значат, конечно, очень много, но значат не более, как нули, когда левее их стоит единица: они увеличивают количественное, но не качественное значение ее; сами же по себе ничего не значат. Эта единица в военном деле, как во всем и всегда, человек».
