На вопрос о причинах поворота — была ли это (душевная) болезнь царя, или замена реформаторов «избранной рады» на капризных фаворитов, или конфликт государя с корыстными аристократическими кликами, которые сводили на нет его стремление к автократии структурным саботажем традиционной олигархии, — можно предположительно ответить «и так, и так». С 1560 г. он отдалился от советчиков своей юности, уничтожил авторитеты и привязанности прежнего времени. После смерти митрополита Макария в конце 1563 г. царь потребовал послушания и со стороны церковных иерархов. С тех пор митрополиты и епископы сменялись, если они оказывали сопротивление планам Ивана IV. После промежуточного периода, связанного с великой личностью Макария, он вернул русскому епископату служебную роль, которую тот играл со времен Ивана III.
Скандальным началом новой политики было отречение царя — причем не последнее — после смерти Макария. Было ли оно, как кажется на первый взгляд, только тщательно спланированным шантажом строптивой элиты с помощью воззвания к народу, или Иваном IV действительно овладела мысль уехать из Кремля? Непосредственно перед праздником святого Николая, наиболее почитаемого в России, 3 декабря 1564 г. Иван IV без оглашения или заявления покинул столицу, увезя с собой кроме прочего царскую казну и святые иконы. Через Троице-Сергиев монастырь он со всем своим домом добрался до Александровой слободы, которая раньше уже служила ему пристанищем. Несколько недель москвичи не получали никаких сведений о том, почему царская семья покинула Кремль. Слухи и страхи множились, но все попытки пробиться к царю были напрасными. Незадолго до Рождества до столицы дошли две царские прокламации: в одной он обвинял иерархов и бояр в том, что они систематически противодействовали автократической власти. Царь отрекся и уехал, так как ему постоянно мешали наказывать врагов и предателей. Второе послание заверяло купечество и простой народ в том, что царский гнев касается не их, а только духовенства и бояр.
Акция Ивана IV немедленно возымела действие: депутация от всех слоев поспешила в его резиденцию, пообещала принять все условия, самостоятельно уничтожить всех врагов царя, лишь бы он снова вернулся на трон. Плебисцитарная акция, наконец-то, развязала Ивану IV руки, чтобы рассчитаться с теми, кого он считал предателями и врагами, и создать собственную территорию, с которой он хотел осуществлять самодержавное правление. Свидетельство немецкого наемника Генриха фон Штадена, отчет которого о службе у Ивана IV является ценнейшим источником, формулирует, по-видимому, и изначально крывшуюся за этим политическую идею Ивана IV. Согласно отчету, царь хотел «уничтожить, так чтобы и их родов в стране больше не осталось, всех несправедливых управителей и властителей в стране, которые не служили его предкам верно и добросовестно. И так хотел сделать, чтобы вершили суд новые управители, которых бы он посадил, по судебникам, без подношений, даров и пожертвований».
