Спустя несколько лет после войны с Германией тезис о борьбе за выживание был понятен и легко ложился на идеологию, господствовавшую в стране. Необходимость прорыва к морю, дальновидность политики царя с его «прогрессивным войском опричников» для советских историков 1950‐х годов была очевидной. Позже эти оценки, в несколько смягченном виде (без одобрения «прогрессивных опричников»), были повторены в ставших классическими работах советских историков (А. Зимина, Р. Скрынникова и др.) и попали во все школьные учебники.
После распада СССР Ливонская война вновь оказалась в центре внимания ученых, только уже в иной роли. Для эстонской, латышской, литовской и белорусской историографий она стала аргументом в пользу тезиса, что агрессивность России против своих соседей имеет глубокие исторические корни и восходит по крайней мере ко временам Ивана Грозного. Белорусский историк Андрей Янушкевич писал, что Ливонская война стала «последним испытанием в борьбе за государственную независимость» Великого княжества Литовского, которое считается историческим предшественником Белорусского государства.
В российской историографии 2000‐х годов тенденции деконструкции предшествовавшей историографии также затронули концепцию Ливонской войны. Причем они проникли и в научные труды, и в публицистику. В 2003 году вышло фундаментальное исследование Анны Хорошкевич «Россия в системе международных отношений в середине ХVI века». По сравнению с предшественниками здесь оценки радикально изменились. Хорошкевич стремилась изобразить войну прежде всего как конфликт внутри русского общества – между царем-тираном вместе с его кровавыми приспешниками, которые вели агрессивную политику по отношению к соседним странам, и либерально настроенным обществом, которое не хотело войны, а хотело дружить с Западом. Политика Ивана Грозного удостоена хлестких оценок: «…несомненная победа русской дипломатии над здравым смыслом» – о русско-ливонском договоре 1554 года; «последнее требование звучало издевательски» – о переговорах о размерах дани в 1557 году; «стиль ведения войны… вызвал в Европе ужас» – о январском походе 1558 года; «из нашего „далека“ можно оценить программу А. Ф. Адашева… как программу развития гражданских свобод» – о деятельности «Избранной рады»; «исход этого этапа, внешне похожий на триумфальную победу, по существу оказался серьезнейшим поражением» – о взятии Полоцка в 1563 году; «крах ливонской авантюры» – о русско-ливонском перемирии 1570 года. Ливонская война, на взгляд Хорошкевич, была не по силам русскому обществу, а потому продолжение войны вызвало проблемы с мобилизацией ресурсов. Инструментом мобилизации стала опричнина Ивана Грозного, то есть борьба за Ливонию косвенно способствовала установлению страшного деспотического террора против своих подданных.
