Бухарский эмират и Хивинское ханство начиная с весны 1917 года тоже потрясали народные восстания, но их правители продолжали сопротивляться революционной волне.
Этому способствовала прежде всего политическая и военная поддержка окопавшихся там белогвардейцев, а также преданность населения внутренним консервативным силам, в частности муллам-традиционалистам, чье влияние в народе оставалось очень сильным. Хивинский правитель Джунаид-хан и бухарский эмир Алим-хан получали материальную помощь от иностранных держав, в частности Великобритании. Белогвардейцы, устроившиеся в Хиве, поддерживали постоянную связь с подпольной антисоветской организацией Ташкента, в свою очередь тесно связанной с американскими, английскими и французскими разведывательными службами, имевшими на местах своих агентов.
Несмотря на неоднократные предложения мира с советской стороны, Джунаид-хан продолжает свою агрессивную политику. В июне 1919 года он совершает из Хивы один за другим смертоносные рейды в Амударьинскую область и устанавливает постоянные контакты с адмиралом Колчаком, верховным главой контрреволюции.
Такую же политику проводит в Бухаре Алим-хан. В марте 1918 года попытка партии младобухарцев свергнуть феодальную власть с помощью туркестанских красногвардейцев заканчивается провалом. Руководители младобухарцев рассчитывали, что их выступление повлечет за собой всеобщее восстание в эмирате.
Но они переоценили свои силы и влияние: находившиеся еще под контролем баев и мулл трудящиеся за ними не пошли. Разжигаемые в деревнях бунты бедных крестьян, а в различных населенных пунктах — ремесленников и рабочих терпят такой же провал, как и восстание, организованное в «старом городе» Бухарской коммунистической партией. Эмир не раздумывая обрушивает на участников этих выступлений кровавые репрессии.
В апреле и мае 1919 года из Афганистана в Бухару приходят несколько сот тяжело груженных верблюдов. Они привезли оружие, поставленное Великобританией, чтобы помочь эмиру Алим-хану вооружить 50 тысяч мобилизованных им людей. Лондон отправляет ему также, помимо 28 тысяч винтовок, английских военных инструкторов. В конце лета 1919 года в Бухаре насчитывается около 600 таких инструкторов. Среди советников эмира, как и хивинского хана, имеются русские «беженцы» — офицеры, высшие царские чиновники и меньшевики. В их числе Осипов — бывший военный нарком Туркестана (царский прапорщик, проникший в ряды большевистской партии), который в ночь на 19 января 1919 года (при соучастии представителей иностранных миссий в Ташкенте) во время неудавшегося государственного переворота приказывает арестовать, а затем казнить членов правительства Туркестанской республики, туркестанских комиссаров, и других партийных и советских работников.
