Подальше «от города» (хотя все еще в городских стенах), уцелели монастырь и церковь времен поздней античности. Сохранились сады и виноградники, в то время как жилые кварталы совершенно развалились и были разобраны для строительства. Изменения, произошедшие в городе, можно увидеть в церкви Святого Климента возле Колизея и в церкви Святых Иоанна и Павла. Церковь Святого Климента знаменита тем, что открывает три культурных слоя разных эпох. В нижнем слое — улица, часть большого дома и храм Митры, которому поклонялись в I веке. Над ним — ранняя средневековая базилика V века со следами фресок, и выше — церковь зрелого Средневековья (1108), с характерными архитектурными и декоративными особенностями. Церковь Святых Иоанна и Павла посвящена не апостолам, а их тезкам, ранним римским мученикам. В непосредственной близости от нее обнаружены вилла и более скромные жилища, камни которых частично послужили основанием церкви, и куда можно спуститься для осмотра. С Целия спускается римская улица Клив Скаури, она ведет к фасадам торговых лавок III века, полностью вошедших в основание стоящей над ними средневековой церкви Святых Иоанна и Павла.
История римских христианских храмов, несмотря на большое количество прямых свидетельств, остается неясной для науки. Ни одно здание античной церкви не сохранилось неповрежденным. Базилики Константина были снесены либо так пострадали, что по ним можно судить лишь о масштабе и плане застройки. Самые ранние достаточно сохранившиеся здания христианских храмов относятся к началу средневекового периода. Итальянцы называют любую большую церковь, не обязательно епископскую, — дуомо. Слово произошло от латинского «дом», и это согласуется с часто повторяемым, но не доказанным предположением, что христиане до Константина и некоторое время после него молились в домашних условиях. Так, большие дома, стоящие под храмами Святого Климента и Святых Иоанна и Павла, возможно, были первыми домашними молельнями этих мучеников. Позднее над ними построили официальные базилики.
Базилика начала свою архитектурную историю как простой зал с проходами — в нем помещался римский суд. Таковы базилики Юлиана и Ульпиана на римском Форуме. На протяжении столетий, однако, здания увеличивались в размерах и изменялись. Так, в руинах базилики Максенция/Константина мы видим зал с множеством проходов, с высоким сводом и двумя апсидами (хотя первоначальный план предполагал только одну апсиду). Кажется, эти здания, вместе с традицией постройки круглых погребальных камер, с начала Средневековья задали образец возведению таких церквей. Высота базилики Максенция и сложность ее сводов, возможно, повлекли за собой необходимость постройки трансептов, так возник традиционный крестообразный план базилики, к которому все мы привыкли. И все же большинство типичных средневековых базилик в Риме не имеют трансептов. Лучшие примеры попытки полного приближения к средневековому плану и декору — это церкви Санта-Мария-ин-Космедин (с «устами истины») и церковь Святой Сабины на Авентине. Хотя в обоих случаях черты строений не всегда подлинные, намерением реставраторов XX века было возвращение этим зданиям облика, погружающего в атмосферу раннего Средневековья. Почти все церкви в Риме подверглись барочному украшательству, поэтому всегда приятно, когда видишь, что некоторые здания освободили от наслоений XVII века, и они обрели исходное величие простоты и строгости.
