Хан Мухаммед-Али, сын Омар-хана, распространил свою власть на Памир и припамирские страны (Каратегин, Дарваз, Рошан, Шугнан). Во время народных волнений Мухаммед-Али был убит, а Кокандское ханство временно присоединено к Бухаре в 1842 г. В последующий период Коканд был охвачен непрерывными дворцовыми переворотами, межэтническими столкновениями.
На юге и юго-востоке Мервского оазиса также шло межгосударственное размежевание. Балх (древняя Бактриана) в течение нескольких веков зависел от Мавераннахра. В результате военных походов персидского шаха Надира Балх обособился.
В 1747 г., один из потомков рода Абдали (Дурани), Ахмед-хан сумел объединить восточную часть Персии и явился основателем Афганистана. Территория последнего расширилась в 1850–1863 гг. при афганском хане Дост-Магомете, который завоевал Балх, Андхой, Меймене, Кундуз, Бадахшан и Герат.
При преемниках Ахмед-хана, Ширали-хане и Абдуррахман-хане, после ряда войн с Персией и Англией, а также вследствии столкновения интересов России и Англии в Средней Азии, здесь начали военные действия российские войска.
В Бухарском и Кокандском ханствах в XVIII в. имели неограниченную власть эмиры и ханы. Государственных учреждений в ханствах не было. В Бухаре при эмире был совет, имевший совещательный характер и состоявший из феодалов. Большие полномочия были у аталыка, распределявшего воду реки Зеравшан от Самарканда до Кара-Куля. Хозяйственными и административными делами ведал кушбеги. Он же отвечал за сбор поземельного налога-хараджа. Финансами эмирата распоряжался закатчи-калян. Судей (казиев) назначали и смещали эмиры. Муфтии готовили юридические заключения.
У кочевников Средней Азии светские и судебные дела решали бии.
Восточная Бухара делилась на вилаеты и тумены, возглавляемые амлякдарами[15].
Земли от Шахрисябза до Памира были слабо связаны с центральным управлением Бухарского эмирата. В феодальных владениях и Припамирских княжествах сидели собственные правители и управляли почти независимо. Во главе Шахрисябза и Гиссара стояли хакимы; в Каратегине и Дарвазе – шахи.
Торговые пути Бухарского и Хивинского ханств проходили через Байсун и Ширабад, по реке Амударье и далее через Гиссарский хребет (перевалы Мур, Шутур-Гардан, Анзой, Пакшив, Матча) в Самарканд, Джизак, Ура-Тюбе, Ходжент, Коканд в Ферганской долине[16].
В XVIII в. Бухарский эмират был охвачен сепаратистскими тенденциями правителей Восточной Бухары, Ходжента, Ура-Тюбе. После убийства последнего хана из династии Аштарханидов – Абулфайза, началось правление династии – Мангытов, ее первым правителем был Мухаммед Рахим-хан. Для укрепления централизованной власти он создал сильную армию, основу которой составляли афганцы, приведенные из Персии, где он был на службе у Надир-шаха. Он вел борьбу с сепаратистами из Мианкаля, знатью узбекских племен бахрин, кипчак, кенегес, етти-уруг. Земли мятежных родов были конфискованы, а народ переселен поближе к Бухаре. Мятежи продолжались в Гиссаре, Кабадиане, Ургуте, Пенджикенте, Ура-Тюбе. Первый поход Рахим-хана был неудачным, во время второго похода ему удалось взять Пенджикент и Ургут, жители которых были переселены в окрестности Бухары. Борьба с феодалами Восточной Бухары, Ура-Тюбе и Ташкента шла с переменным успехом.
