Казахи и киргизы воевали с узбеками, наступавшими с юга, а также с Могулистаном, в результате его правитель Сеид завоевал в 1514 г. Кашгарию и юг Семиречья. Здесь казахи потерпели поражение в 1538 г. от преемника Сеид-хана могульского хана Рашида.
Казахи, потеряв в сражении хана Тугума и 37 султанов, отстояли свои кочевья как и киргизы в Семиречье.
Что же касается узбеков, то их власть в этом регионе ослабела и усилилась лишь в конце XV в., при хане Шейбани. Он объединил под своей властью кочевников узбеков. Шейбани в союзе с ханом Махмудом, правившим в Ташкенте, произвел ряд набегов на Туркестан и в 1488–1504 г. завоевал Отрар, Ясы (г. Туркестан), Сыгнак, Бухару, Самарканд, Фергану, Хорезм, Баял и Хоросан, где еще правили тимуриды. Шейбани погиб в 1510 г. близ Мерва в сражении с персидским шахом Исмаилом. Наследниками его завоеваний стали султан Бабур и шах Исмаил[11].
Господство потомков шейбанидов продолжалось в Мавераннахре до конца XVI в. Между потомками Шейбани начались распри, вызвавшие раздробление Мавераннахра на мелкие владения[12].
При узбеках Бухара стала столицей Мавераннахра, теперь получившего наименование Бухарского эмирата, во главе которого стал Джани-хан, потомок Джучи. Он правил в Астрахани. Владычество потомков Джани-хана, или так называемой аштарханской династии (аштарханиды), продолжалось в Бухаре до середины XVIII в.
Окончательный удар по аштарханидам был нанесен персидским шахом Надиром. Владычество Персии прекратилось со смертью Надир-шаха в 1747 г., но верховная власть Бухары в Средней Азии была подорвана. Это имело следствием обособление и укрепление Хивинского ханства и закаспийских туркмен, а также способствовало образованию нового Кокандского ханства.
При последних правителях-аштарханидах в Бухаре выдвинулся род Мангыт, пользовавшийся наряду с родом Кунград влиянием в Средней Азии. Но уже при хане Абдулфеизе (1711–1747), его визирь Мухаммед-Рахим, убив хана, стал правителем Бухарского эмирата. Его преемником стал Даниял-бей, посадивший на ханский престол чингизида Абдулгази-хана. Но после смерти Даниял-бея, его сын принял титул Эмира Бухары под именем Шах-Мурада (1785–1799). Он в союзе с туркменами совершил ряд набегов на Хоросан, принадлежавший Персии, и воевал с афганцами. Им был разрушен г. Мерв и плотина на Мургабе, что погубило весь Мервский оазис[13].
Насрулла, внук Шах-Мурада, вел упорные войны с узбеками Шахрисябза и Кокандским ханством. При эмире Музаффар-эддине (1860–1885) Бухарский эмират был подчинен России.
