Центральный Комитет РКП(б), проанализировав опыт организации и деятельности партийных ячеек, в конце января 1919 г. опубликовал «Инструкцию коллективам Петербургской организации Российской коммунистической партии», в которой были изложены ключевые проблемы партийного строительства. В частности, в ней указывалось, что «коллектив советских и иных учреждений не должен вмешиваться в действия или распоряжения руководящих органов, коллегий и ответственных лиц»[132].
Главное, чем должна была заниматься партийная организация в Чрезвычайной комиссии, — это воспитание личного состава, а также его мобилизация на выполнение оперативно-служебных задач. Самим же задачам служебной деятельности чекистов на партийных собраниях в тот период времени внимания не уделялось.
В годы Гражданской войны очень часто проводились партийные мобилизации. Как правило, коммунисты долго не задерживались на одном месте, что затрудняло партийную работу. Сотрудники комиссии были перегружены работой, испытывали колоссальные нагрузки. Нередко чекисты погибали на боевом посту. Возникали случаи, когда сотрудники ЧК не выдерживали испытания властью. Из первоначального состава партийной организации Петрочека, в которую входили 64 большевика, к декабрю 1919 г. осталось 5 членов РКП(б)[133]. Состав партийной организации изменился практически полностью. Центральный комитет партии направил в Петрочека для укрепления двух членов Коллегии ВЧК: Ф.Д. Медведя (с 5 мая 1919 г.) и Г.С. Мороза (с 7 июля 1919 г.). Коммунисты направлялись на работу в ЧК по рекомендациям губернского комитета РКП(б), Петроградского Совета и городских районных Советов.
Ячейка РКП (б) Петроградской ЧК в июле 1919 г. объединилась с партячейкой отдельной роты (отряда) ПК РКП(б). Рота несла караульную службу по охране помещений ЧК и задержанных граждан. Так же этот отряд проводил аресты, выемки, обыски и пр.
Партячейка Петрочека с момента своего создания взаимодействовала со 2-м городским районным комитетом РКП(б) г. Петрограда. В директивном письме ЦК РКП(б), направленном всем губернским и уездным комитетам партии, содержалась информация о том, чтобы большевики-чекисты «не замыкались в узкий круг и не отрывались от жизни местных партийных организаций»[134].
Партийная организация комиссии была связана с Петроградским комитетом (ПК) РКП(б). В ПК партии входили следующие руководители Петроградской ЧК: М.С. Урицкий, Н.К. Антипов, С.С. Лобов, Н.П. Комаров, Б.А. Семенов и др. Возникали вопросы о взаимоотношениях ячейки РКП(б) Петрочека с ПК, о состоянии партийной дисциплины в ЧК и пр.
