В 1905 году Сергей Иванович не купил ни одной картины — ему тоже было не до искусства. В октябре началась всеобщая забастовка, на несколько дней парализовавшая жизнь в стране. 17 октября гражданам империи была дарована конституция, а в декабре в Москве началось вооруженное восстание. Либералы называли это безумством и не сомневались, что восстание будет подавлено. В самый критический момент капиталист С. И. Щукин с блеском провел финансовую операцию: на пике падения спроса на текстиль скупил весь имевшийся в наличии на складах товар, а через несколько месяцев, когда ситуация стабилизировалась, поднял цены. Это принесло фирме «И. В. Щукин с сыновьями» как минимум миллион прибыли.
К концу ноября обстановка сделалась настолько взрывоопасной, что многие сочли разумным переждать за границей. Супруги Щукины, забрав Гришу, Катю и недавно поступившего в университет Ваню (из-за волнений занятия в учебных заведениях были прекращены), тоже поспешили уехать.
«…Я шел в переулке, выбегающем к Знаменке, против дома известного миллионера С. И. Щукина, вчера ходившего в "либералах", наткнулся на интересное зрелище… Против дома его я видел кучу тулупов, встречаясь с которыми в эти дни я соскакивал с тротуара, хватался за спрятанный в кармане "бульдог": на этот раз краснорожие парни с полупудовыми кулаками весело ржали, выслушивая интеллигента: он "агитировал" среди них, подставляя мне спину; лица я не видел; но в спину забил знакомый "басок с заиканьем":
— Ч-ч-что в-в-выдумали? А? Это все ин-ин-ин-инородцы.
Повертываюсь: щукинские, пропученные из-под черной с проседью бородки губы: "агитировал" он около задних ворот Александровского училища: х-х-х-хорошо охранять п-п-п-пе-реулок на случай, если бы». Описанная Андреем Белым в «Между двух революций» сцена могла происходить в последних числах ноября, накануне отъезда владельцев особняка.
В январе 1906 года Щукины были уже в Судане. Богатые русские путешественники выглядели счастливыми и беззаботными, если бы только не больная для всех тема — исчезновение Сергея-младшего. 17-летний Сережа Щукин пропал в ноябре, и вот уже несколько месяцев о нем не было никаких известий. «Может быть, и лучше, что Щукины уезжают. Это их успокоит. А мне думается, что Сережа еще появится. Как только в стране все пойдет нормальным порядком. Я в этом более чем уверена», — писала одна из теток пропавшего своей родственнице. Но Сережа не появлялся. В последних числах марта 1906 года в Москве-реке у села Хорошева нашли труп молодого человека. Экономку Щукиных вызвали на опознание. Сомнений не оставалось: утопленник был не кто иной, как Сергей Сергеевич Щукин, сын уехавших хозяев. Газетчики написали, что сын миллионера С. И. Щукина «ушел из жизни под бременем мучительных событий, вызванных бурным ледоходом освободительных дней». Столь обтекаемая формулировка намекала на причину, заставившую молодого человека покончить с собой; ходили также разговоры о психическом нездоровье сына Сергея и Лидии Щукиных.
