Со временем церковь развилась в средневековую, с заметной ролью в ней Римского епископа, что привело к росту папства как наиболее авторитетного центра власти. Во многих местах чистота Христова Евангелия была разбавлена до жалкой смеси подлинной веры и языческих суеверий. Языческие народы обращались в христианство часто под воздействием внешней силы, а не из-за внутренних убеждений, при этом многие нехристианские идеи и обычаи вошли в церковь. В это же время богословы часто попадали под чрезмерное влияние произведений, написанных нехристианскими философами классической эпохи – влияние, которое можно обнаружить даже во многих частях современного богословия. Лидеры церкви были больше озабочены приобретением власти и богатства и победой в сражениях за политическое влияние, чем осуществлением хорошей пасторской заботы о людях, вверенных их попечению. Люди не получали необходимого обучения в сфере религии. Поэтому часто желание быть истинным учеником Христа заграждалось безнравственностью и политическими интригами.
В свое время это печальное положение вещей вдохновило подъем различных реформационных движений, ведомых такими мужественными людьми, как Джон Уиклиф и Ян Гус (также часто упоминающийся в книгах как Джон Гус). В конечном счете это привело к «Реформации» церкви в шестнадцатом столетии. Эта Реформация не только привела к повторному открытию славного факта о том, что мы спасены благодатью, а не нашими собственными делами, не с помощью вмешательства священников и духовенства и не за денежную оплату. Кроме этого, Реформация вернула Библию простым людям и выразила протест (отсюда и возникло имя протестанты) против многих злоупотреблений и неправильных учений, которые вкрались в церковь. Некоторые реформаторы являлись более радикальными, чем другие, и задним числом следует признать, что многие аспекты веры, которые нужно было реформировать, были тогда пропущены или проигнорированы. В последующие столетия стало несомненно очевидно, что церковь должна продолжать путь дальнейшего восстановления учения Иисуса Христа. Как сказал Мартин Лютер, церковь «semper reformanda» – всегда нуждается в дальнейшем реформировании.
«Церковь Рима» также осознала, что ей нужны перемены, и некоторые изменения были на самом деле осуществлены во время так называемой контрреформации. Но глубокий раскол между католицизмом и протестантизмом стал для христианства бесповоротной реальностью. До этого в христианстве уже существовала схизма 1054 года, которая вызвала постоянный разрыв между православными церквями Востока и церковью Запада.
