Ему предъявили тридцать три обвинения, которые, в сущности, сводились к трем: 1) заговор с целью получить власть над королем; 2) замысел жениться на принцессе Елизавете без согласия короля и Совета; 3) потакание пиратам и получение краденого добра от них. У него конфисковали все имущество, объявили виновным по всем трем пунктам и приговорили к смертной казни. Его брат недрогнувшей рукой подписал смертный приговор. Принцесса же Елизавета подпала под подозрение сговора с Сеймуром. Ее воспитательница Кейт Эшли и счетовод Томас Парри были арестованы, заключены в Тауэр и подвергнуты тщательному дознанию. Единственными ценными показаниями, полученными от них, были те, что при упоминании имени Сеймура лицо принцессы заливалось краской.
Елизавету допрашивали на месте ее проживания в Хэтфилде. Сэр Роберт Тирит, которому доверили это малоприятное задание, писал в отчете лорду-протектору: «Заверяю вас, ваша милость, что она обладает чрезвычайно проницательным разумом и только с великой хитростью удается что-то вытянуть из нее». Принцесса вновь проявила недетскую мудрость, не только убедив следствие поверить, что не участвовала в заговоре Сеймура, но и добившись декларации от двора, осуждавшей беспочвенные толки о ее заключении в Тауэр и беременности от мужа покойной мачехи. Узнав о казни Сеймура, она промолвила:
— Нынче умер человек большого ума и малого здравого смысла.
Однако, невзирая на кажущееся хладнокровие, Елизавета пережила сильнейшее потрясение. У нее развились мучительные мигрени, разлитие желчи, расстройство пищеварения и менструального цикла. Недомогания продолжались четыре года, но в самый первый были опасения, что ее жизнь находится под угрозой. Выздоровев, она вернулась к уединенной жизни в Хэтфилде, заполненной учебой. Как далеко зашли ее отношения с Сеймуром? В народе имели хождение слухи, что она была беременна, но это легко было опровергнуто историками. Всю свою последующую жизнь Елизавета с остервенением твердила о своей девственности. Историки же считают, что сексуальные домогательства Сеймура вызвали у нее отвращение как к половой жизни, так и к замужеству до самого скончания ее долгого века.
Царствование Эдуарда VI (1547–1553) ознаменовалось укреплением англиканской церкви. К сожалению, этот одаренный и умный юноша был слаб здоровьем и скончался от чахотки в возрасте 16 лет. Его смерть ставила под угрозу будущее протестантской церкви в Англии, ибо по всем правилам на престол должна было взойти католичка Мария. Советники юного короля уговорили его воспользоваться старинным правом английских королей самим назначать себе наследника и принять решение в пользу своей родственницы, шестнадцатилетней леди Джейн Грей, ярой протестантки, невзирая на ее юный возраст. Она приходилась внучкой младшей сестре Генриха VIII, принцессе Мэри
