Обучение в Академии Генерального штаба для Ватутина стало вершиной непрерывного образовательного цикла, который он продолжал уже самостоятельно до последних дней жизни. Николай Федорович сам впоследствии признавался, что учился легко, с огромным желанием. Привычка учиться, постоянное недовольство собой, высокоразвитое чувство самокритичности позволили ему, особенно потом, на высших должностях, избежать таких типичных даже для талантливых людей ошибок, как самоуспокоенность и вера в свою непогрешимость.
Первый семестр закончился 4 февраля, и слушатели получили десятисуточный отпуск. Ватутины решили провести его в Москве. Николай Федорович, обычно работавший по двенадцать часов, позволил наконец дать себе передышку, походить с детьми по Москве, просто поиграть с ними. Кроме того, не хотелось прерывать курс лечения, который начал проходить Витя. Татьяна Романовна подозревала, что муж не выдержит и засядет за учебники, но Николай Федорович дал обещание и сдержал его. Сам сводил детей в Третьяковку, Пушкинский музей, на Сельскохозяйственную выставку, не раз подолгу гулял с ними на Красной площади. Вечерами ездил с дочерью на каток, пересмотрел с ребятами все немногочисленные в то время кинофильмы. Одним словом, отдохнули хорошо.
Второй семестр предусматривал освоение армейских операций с участием всех видов вооруженных сил и родов войск. Особое внимание уделялось теории глубокой операции. Учебных пособий по ведению армейских операций тогда, по сути дела, не было. Слушателям приходилось вместе с преподавателями создавать новую теорию. Очень скоро многие разработки академии по армейским операциям в соответствии с указаниями Генерального штаба стали рассылаться в войска, другие академии, управления Наркомата обороны. Академия реально становилась важнейшим военно-научным центром РККА.
Зимой слушатели досконально изучили стратегию боевых действий соединений и теорию армейских операций. С наступлением весны практические вопросы стали отрабатываться не только на картах, но и на местности. Начались ежедневные полевые занятия, на которых во всех группах вырабатывалось умение глубоко оценивать обстановку, принимать решения на операцию, бой.
Так же, как в первом семестре, при проведении оперативных игр на картах, каждый слушатель пробовал свои силы в различных должностях в полевом управлении армии: оператора, разведчика, начальника связи, даже начальника рода войск или службы. Ну и, конечно, командира и начальника штаба. Из всех докладов выбирались самые-самые смелые, оригинальные, и на их основе разрабатывались основные документы. Ватутин и здесь выделялся в лучшую строну. Достаточно сказать, что его в числе немногих слушателей преподаватели привлекли к работе в качестве помощника руководителя занятий и посредника на учениях. А через некоторое время вместе с А.И. Антоновым, А.М. Василевским, Л.А. Говоровым и М.В. Захаровым Николай Федорович назначается руководителем военных игр в группах.
