Весной 1937 года появилась возможность усилить подводные силы флотилии еще одним дивизионом подлодок, на этот раз «щук». В феврале 1938 года два отдельных дивизиона объединили в бригаду. Чтобы усилить экипажи не приспособленных к условиям Севера балтийцев местными кадрами, командование назначает в состав их экипажей несколько наиболее опытных «северян». В их числе и лейтенант Августинович, который становится помощником командира Щ-401. В этой должности ему предстояло пробыть всего несколько месяцев… Шел печально известный 1937 год, который оставил на теле Северного флота (флотилию преобразовали во флот в мае 1937 года) необычайно глубокие следы. Были арестованы и погибли в результате репрессий первый командующий флотом Константин Душенов, первый командир бригады Константин Грибоедов и многие другие, в число которых вошел командир Щ-401 Иван Немченко (его судьба неизвестна и по сей день). В октябре 1937 года Августинович стал командиром «щуки». У тех, кто уцелел после нескольких серий арестов, был неизбежен бурный кадровый рост. В результате уже в июне 1938 года Михаил Петрович стал командиром Д-1, а в октябре 1939 года – командиром дивизиона «декабристов».
Но не следует думать, что в период этой кадровой свистопляски командиры целыми днями ничего не делали, а только сидели и с дрожью ждали, когда за ними придут сотрудники НКВД. Настоящие командиры, а к ним относился и Михаил Августинович, по-прежнему совершенствовали теоретические и практические знания – свои и вверенных им экипажей. Уже на третьем месяце своего командования «декабристом» он ушел в плавание, которое стало новым рекордом своего времени.
21 сентября субмарина вышла из Полярного в 44-суточный автономный поход по маршруту мыс Цып-Наволок – Нордкап – остров Медвежий – остров Надежды – Новая Земля – остров Колгуев – Кольский залив общей протяженностью в 5842 мили. Отличием этого похода от предыдущих, где лодки практически все время находились в надводном положении, являлось то, что теперь имитировались настоящие условия боевой деятельности, где плавать придется в основном под водой. В общей сложности субмарина находилась в подводном положении 11 суток и прошла при этом 1001 милю, причем 31 октября она 24 часа непрерывно шла под водой без задействования средств регенерации воздуха. Всего за 1938 год Д-1 провела в море 120 суток, пройдя более 10 тысяч миль, из них 1200 под водой. В аттестации по итогам года предыдущий командир Д-1 а теперь командир дивизиона Вячеслав Карпунин не без ревности писал:
