И еще об одном отличии Тайной канцелярии от примитивных предшественников стоит упомянуть. Ей впервые официально поручено дело контрразведки в Российской империи, надзор за нахождением в России иностранных подданных и целенаправленная работа против действия в России разведчиков иностранных государств. До создания Тайной канцелярии контрразведка, как и внешняя разведка, в России велась стихийно. Искоренять «изменников» (часто мнимых) поручали и опричникам, и преображенцам, и различным чашничим и окольничим еще до романовской власти в России. В алексеевском Тайном приказе дьяки присутствовали при встрече государем иностранных послов, приглядывали за их дворами в Москве и сопровождали русских дипломатов в их посольствах за границу для присмотра за ними. Иностранных агентов, разоблаченных и репрессированных в России, из числа иноземцев или служивших им русским, было предостаточно. Но не было еще такого централизованного органа, которому контрразведывательная деятельность поручалась в качестве отдельной и постоянной задачи.
Иностранных шпионов или предателей в России изобличали и раньше, платных осведомителей заграничных дипломатов-разведчиков или шведского толмача Нильсена, добывавшего по заданию своего короля документы о родословной московских царей. Когда у Петра I закончился крахом его первый серьезный поход против Турции, всю его неудачу 'списали на измену в пользу турок голландского офицера на русской службе Якоба Янсена. Он якобы выдал туркам секретный план мобилизации русской армии, после чего бежал к ним и принял ислам. Позднее при взятии русскими войсками Азова Янсен был пленен, с позорящей его измену табличкой провезен по Москве и в итоге казнен. Он действительно был предателем, действительно сменил православие на ислам так же легко, как когда-то променял католическую веру на православную, но считают, что размах ущерба от его измены был здорово тогда преувеличен для оправдания неудачного дебюта царя Петра Алексеевича в качестве полководца. Такое в истории России в те времена случалось не раз. Еще когда Петр за малостью лет не правил Россией, его сестра-регентша Софья отправила крупную армию под началом своего фаворита князя Голицына отбивать у турок Крым. Поход закончился неудачей, потрепанное русское войско отошло, хотя в Москве и попытались трубить о крупной победе. Тогда, чтобы отвести подозрение в военной некомпетентности от Голицына, изменниками объявили шедших с ним на турок украинских казаков под началом их гетмана Самойловича, которого по заведенной традиции быстро арестовали и сослали в холодные края. Вряд ли все эти разоблачения с сомнительными сейчас доказательствами (обычный донос на Самойловича в поджоге травы в степи перед конницей Голицына доказательствами так и не подтвержден) можно считать контрразведывательной деятельностью в полном ее понимании. Тот же Петр и старшину Кочубея на Украине казнил по обвинению в измене, хотя изменником оказался как раз указавший на предательство Кочубея и ранее Самойловича новый гетман Украины Мазепа, ушедший затем со шведами за границу.
