У этой спецслужбы был постоянный «офис» в Петропавловской крепости Санкт-Петербурга, оборудованный своей внутренней тюрьмой для подследственных и пыточными камерами. В создании этой отдельной тюрьмы для политических заключенных, служившей одновременно и местом предварительного содержания подследственных Тайной канцелярии, тоже использовали французский опыт знаменитой Бастилии. Здесь же находился архив расследуемых дел и горы документации по вопросам политического сыска. В архиве Тайной канцелярии Петровской эпохи оседали целиком только наиболее важные дела политического розыска, к моменту закрытия этой службы в 1726 году Толстой передал Сенату 256 хранившихся в ее архиве на тот момент дел. Свой кабинет Петр Андреевич Толстой расположил в комнате бывшего коменданта Петропавловской крепости, в соседнем кабинете заседал первый секретарь Тайной канцелярии Тимофей Палехин, на которого возлагались обязанности всего делопроизводства в этой первой российской спецслужбе. Под камеры для содержания подследственных отвели помещение бывшей гарнизонной гауптвахты Петропавловки. Поскольку изначальная идея, что Тайную организовали только для завершения кикинского розыска и дела сторонников царевича или что ее будут собирать время от времени для расследования вновь возникших заговоров, быстро была похоронена, то спецслужба Российской империи стала обосновываться в крепости всерьез и надолго. К концу 1718 года здесь уже заседала постоянно пара десятков сотрудников. В том же году специально откомандированный в Москву заместитель Толстого Ушаков основал московский филиал Тайной канцелярии на Потешном дворе, руководить московской конторой поставили Казаринова.
Кстати, история сохранила для нас и имена первых политических подследственных этой спецслужбы, совершивших во время следствия побег на волю. Это некие Золотов и Григорьев, раскольники, они бежали из камеры предварительного заключения в Петропавловке в 1719 году, скрылись и были объявлены в розыск по всей стране. Из материалов дела видно, что побег этих заключенных Тайной канцелярии стал возможен из-за халатности солдат конвоя в Петропавловской крепости. Один из трех караульных повел арестанта на допрос, другой в это время «пошел в город на рынок купить редьки», а оставшегося с арестантами гренадера Фомина они просто скрутили и самого заперли в камере, сами же выбрались из крепости в город и скрылись. Удалось ли затем поймать Григорьева с Золотовым, мне неизвестно, а вот гренадер Фомин сам стал подследственным Тайной канцелярии по делу о бегстве государственных злодеев из предварительного заключения: его подозревали в умышленном содействии их побегу за взятку. Ушедшего за редькой на рынок его сослуживца к ответственности не привлекли. Правда, это был побег из еще плохо оборудованного места содержания подследственных Петропавловки. Из отведенных позднее в крепости для содержания важных политических подследственных и заключенных Алексеевского равелина и Невской куртины бежать было уже практически невозможно.
