Продолжая служить в воинской части, лояльной Айснеру, Гитлер, в сущности, поддерживал скорее баварского революционного вождя, нежели Лоттера. Он продолжал обитать и выполнять свои обязанности в казармах Второго пехотного полка на Лотштрассе, прямо к югу от Обервизенфельд, где он размещался с момента своего возвращения из Траунштайна. Одной из его задач была функция охраны в различных местах в Мюнхене. Например, некоторые из солдат его части общим числом тридцать шесть человек, среди которых вероятно был и сам Гитлер, с 20 февраля до марта были использованы для защиты места, у которого попытка переворота Лоттера окончилась перестрелкой, и для защиты центральной железнодорожной станции Мюнхена. Своей службой Гитлер помогал предотвращать попытки других людей отстранить от власти еврейского социалистического вождя Баварии, таким образом защищая режим, с которым, как он заявит, став национал-социалистом, всегда боролся.
Несмотря на усилия Гитлера и его соратников защитить Айснера, прошло только лишь два дня со времени провалившейся попытки переворота Лоттера, когда противники Айснера ударили снова. На этот раз удачно. 21 февраля, в день открытия парламента Баварии, молодой студент и офицер придворного пехотного полка Антон граф фон Арко ауф Валлей подкрался к Айснеру сзади как раз в тот момент, когда вождь независимых социал-демократов вышел из баварского министерства иностранных дел по пути в парламент на открытие сессии законодательной власти Баварии, где он намеревался подать в отставку. Арко дважды быстро выстрелил ему сзади в голову. Айснер скончался на месте.
Наиболее вероятно, что Айснер погиб в результате заговора офицеров придворного пехотного полка, элитной части, обязанностью которой ранее была защита короля. Внучатой племяннице Михаэля фон Годин, офицера-однополчанина Антона фон Арко, и брата одного из командиров полка Гитлера во время Первой мировой войны, одна из её двоюродных бабушек говорила, что офицеры придворного пехотного полка строили планы убить Айснера. Двоюродная бабушка поделилась с ней, что Михаэль фон Годин и его товарищи в придворном пехотном полку тянули жребий — кто будет стрелять, что и определило — Арко будет тем, кто убьёт Айснера.
Вследствие убийства Айснера ничто больше не было как прежде, определённо не так, как представляли себе Арко и его соучастники заговора. Высокопоставленный американский официальный представитель Герберт Филд обнаружил это на своём непростом опыте. Через несколько часов после убийства Филд, представитель военной комиссии союзников по контролю от США в Мюнхене, которая была организована после перемирия, шёл к центральной станции Мюнхена, сопровождаемый немецким офицером. На станции солдаты набросились на них двоих, опрокинули немецкого офицера на пол и сорвали с его формы эполеты. Через несколько дней после этого события Филд написал в своём дневнике: «Перспективы чрезвычайно мрачные. Я ожидаю увидеть в ближайшем будущем установление большевистского господства.» Поскольку станция охранялась солдатами из подразделения Гитлера и других того же полка, это происшествие даёт нам хорошо почувствовать, с какого рода людьми Гитлер служил в своей части в конце февраля 1919 года, независимо от того, был ли он лично на месте во время нападения на Филда (см. фото 4).
