Для поляков война обернулась особой трагедией. Мобилизованные всеми тремя разделившими Польшу державами — восемьсот тысяч в русской армии, четыреста тысяч в австрийской и двести тысяч в немецкой, — они оказались перед страшной необходимостью сражаться друг против друга. Даже их лидеры не могли прийти к согласию относительно того, кто величайший враг — Россия, Германия или Австрия. Те, кто саркастически шутил, будто воссоединиться Польша сможет, только если поражение потерпят все три империи, никак не предполагали, что исход войны будет именно таким.
Корчак метался, как и все остальные, пытаясь организовать что-то для Стефы и сирот на время своего отсутствия. Исаак Элиасберг, тоже мобилизованный, уже не сможет ничем помочь. Пожертвования почти прекратились, а число детей, нуждающихся в помощи, возросло. Когда банк отказался выдать ему больше двухсот пятидесяти рублей из пяти тысяч на его личном счету, Корчак отправился к своему издателю Якубу Мортковичу за сотней рублей, которые оставил у него «на черный день». В более счастливые времена он часто присоединялся к элите варшавской интеллигенции, собиравшейся в комнате за книжной лавкой Мортковича или за кофе с кремовыми пирожными в «Земьянской», популярном литературном кафе, помещавшемся в том же дворе на Мазовецкой улице. Морткович, ассимилированный еврей, привлекал в свое издательство лучших писателей, печатая их книги по высшему разряду. Его жена, Янина (настолько же разговорчивая, насколько ее муж был молчалив), публиковала рассказы Корчака в детском журнале «На солнышке», который издавала вместе со Стефанией Семполовской. Это был тесно сплоченный литературный мирок, и Морткович, в отличие от банка, без колебаний вручил своему знаменитому автору нужные ему сто рублей. Он даже обещал приглядывать за матерью Корчака во время его отсутствия.
Корчаку было тяжело прощаться с детьми. До сих пор это они покидали его, когда настолько взрослели, что отправлялись искать свое место в широком мире. Он старался стойко переносить эти прощания и сосредоточивал внимание на вновь поступивших. Но теперь покидал их он, причем тогда, когда они особенно в нем нуждались.
Пока Корчак успокаивал сирот, его самого успокаивала Стефа, хотя сама была подавлена свалившейся на нее полной ответственностью за детей, чье число возросло до ста пятидесяти. За несколько месяцев до начала войны исполнилась ее мечта: она послала свою любимую Эстерку Вейнтрауб в бельгийский университет и даже слушать не захотела, когда Корчак сказал, что следовало бы попросить Эстерку вернуться. Но перед отъездом из Варшавы Корчак по собственной инициативе написал Эстерке, до чего он озабочен, что Стефа остается одна. Как он и надеялся, Эстерка бросила занятия и поспешила вернуться. Следующие два года она была рядом со Стефой, работая не покладая рук в трудных условиях немецкой оккупации — даже таскала заболевших детей в больницу на спине. Когда Эстерка заразилась тифом и умерла во время эпидемии 1916 года, Стефе казалось, что она потеряла собственную дочь. Обезумев от горя, она даже чуть было не оставила свою работу, но слишком уж много детей зависело от нее, и она вынудила себя продолжать. Но никогда больше Стефа не позволяла себе так полюбить какого-нибудь ребенка.
