Шла война со Швецией. Корабль «Кир Иоанн», на котором служил Протасов, участвовал в четырех сражениях. Молодой лекарь умело оказывал медицинскую помощь воинам. За участие в морских сражениях он был награжден. Правда, эту награду — 106 рублей — он получил через 16 лет.
В 1791 году, после сдачи экзамена на звание лекаря, Протасова назначают полковым лекарем в Псковский драгунский полк. С этим полком он совершает военный поход в Польшу.
Уже в это время И. В. Протасов проявил себя как чрезвычайно вдумчивый и наблюдательный врач.
Так, в 1792 году, когда полк, в котором служил Протасов, стоял в Литве, среди солдат начались желудочно-кишечные заболевания. Полковому лекарю хватало забот. Но он тогда думал не только о том, как лечить больных, что им назначить из лекарств. Протасов стремится выяснить причины заболевания. Он смотрит, как живут солдаты, что они едят и пьют, и приходит к заключению, что многие заболевания возникают в результате неправильного питания. Лекарь Протасов советует командиру полка изменить практику заготовки продуктов питания, беседует с солдатами о пользе таких растений, как щавель, молодая крапива. Все это способствовало снижению желудочно-кишечных заболеваний в полку.
Свой опыт Протасов обобщил в специальной работе, которую направил в Медицинскую коллегию. Ему хотелось, чтобы этот руководящий делом здравоохранения орган распространил среди других врачей его опыт борьбы с желудочно-кишечными заболеваниями. В предисловии к своей работе Протасов написал такое четверостишие:
И пища и питье нас каждый день питают,
Оне же бедственно премногих мерщвляют,
Так нужно знать, кто, что и сколько должен есть,
Кому какой должно порядок в пище весть.
Протасов говорит о том, что в походе многие командиры, проявляя заботу о питании солдат, закупают впрок соленое свиное сало и соленое жирное мясо. Уставшие от похода солдаты объедаются этой пищей, в результате чего нарушается пищеварение. Так как другой пищи нет, то люди вынуждены и дальше, после заболевания, питаться по-прежнему. После такой пищи солдаты много пьют, часто грязную болотистую воду, что усугубляет состояние заболевших. Но все это легко можно устранить. Всюду растет щавель, кислица, молодая крапива, из которых можно с успехом варить щи. Солдаты же топчут эту траву и совсем не употребляют в пищу, потому что никто их этому не учит. Надо «невежество солдат просветить разумом», чтобы они варили похлебку со свежими «зелиями». Нет необходимости в том, чтобы заготавливать много соленого сала и мяса. Пусть лучше у солдат останутся деньги, на которые они смогут купить свежее мясо и другие продукты. Лекарям надо особенно внимательно следить за питанием больных солдат, «дабы без разсудку заболевшим кушать давано не было».
