Именно такой поступок потребовался от Хайрюзова, когда в годы перестройки, на волне стихийной демократизации, критики всего и вся, он избирается депутатом Верховного Совета РСФСР и переезжает жить и работать в Москву. В эти годы для провинциала, не имевшего опыта законотворческой деятельности, не знавшего истинной подоплёки принимаемых решений, легко было оказаться на волне трибунной демагогии и разнузданного популизма. Но, подобно своим героям, писатель и депутат делает свой гражданский и моральный выбор, отстаивает в эти драматические годы идеи социальной справедливости, патриотического служения и народной нравственности. В разгар политического кризиса сентября-октября 1993 года Хайрюзов остаётся в стенах парламента России, что позволяет ему, как активному участнику и очевидцу, в 1994 году написать повесть-исповедь «Плачь, милая, плачь!». В 1994 году она вместе с ранее написанными повестями и рассказами вошла в одноимённую книгу Хайрюзова, вышедшую в Иркутске. Сравнивая прозу Хайрюзова 1980-х с повестями 2000-х, нельзя не отметить, как изменился авторский стиль Хайрюзова, который стал более ёмким и жёстким, из него ушла описательная лиричность, а сюжеты произведений писателя максимально приблизились к реалиям действительности, стали документальными, что позволило критику К. Кокшеневой определить прозу Хайрюзова как «литературу живой жизни». После разгона Верховного Совета России в 1993 году Хайрюзову пришлось начинать все сначала. Профессия лётчика, которой он отдал столько лет, оказалась в новых экономических условиях невостребованной, а безработным он стать не захотел, как и менять свой литературный дар на сомнительную славу коммерческого писателя.
Печатаются его новые произведения «Сербская девойка», «Колыбель быстрокрылых орлов», «Последний звонок», «Без меня там пусто», «Иркут», «Бараба», «Воздушный меч России». Излюбленная писателем форма короткой и динамичной повести позволяет ему активно работать на «горячем» современном материале, не пренебрегать острой публицистикой, помещать своих героев в узнаваемые жизненные ситуации. В то же время для Хайрюзова характерен стиль лирической исповедальности, тонкой психологической нюансировки характеров и поступков своих героев. Свою стезю известный прозаик выбрал давно и окончательно: это столбовая дорога русской литературы в реалистическом постижении драматической основы современности. В последние годы Хайрюзов работал над романом «Звезда и крест генерала Рохлина», посвященным судьбе известного российского военачальника и общественного деятеля, депутата Государственной думы, трагически ушедшего из жизни. На основе этого документального повествования Хайрюзов написал сценарий полнометражного художественного фильма «Русская Голгофа». За этот сценарий Хайрюзов награждён главным призом XII Международного кинофестиваля «Золотой Витязь» (2003). В 2011 году выходит книга о Юрии Алексеевиче Гагарине «Колумб Вселенной». А в 2015 году за пьесу «Святитель Иннокентий», поставленную на сцене Иркутского ТЮЗа, награждён главным призом Московского международного театрального фестиваля «Золотой Витязь». В это же время Валерий Хайрюзов пишет воспоминания о тех писателях и журналистах, с которыми ему пришлось встречаться в своей жизни. Тепло, с большой любовью он вспоминает Валентина Распутина, Александра Вампилова, Станислава Куняева, Владимира Ивашковского и многих других литераторов. Некоторые из них вошли в новую книгу писателя «Чёрный Иркут», которая выходит в Красноярске.
