Расследованием по делу установлено, что Мержанов и его жена Мержанова Е. Э. предполагали установить связь с германскими оккупационными войсками при посредстве состоявшей у них на службе в качестве домашней работницы, резко враждебно настроенной против советской власти, немки Партус Э. П.
Как установлено следствием, Партус поддерживала антисоветскую связь не только с Мержановым М. И., но также с Мержановой Е. Э. и Парфианович В. А., в октябре 1941 года пыталась привлечь последнюю к организационной антисоветской работе.
Будучи в 1920 году студентом Кубанского политехнического института в г. Краснодаре, Мержанов группировал вокруг себя враждебных Советской власти лиц, среди которых высказывался против мероприятий партии и советского правительства.
В Москве Мержанов по антисоветской работе был связан с участниками право-троцкистской организации — Равдиным, Панфиловым, которые намечали использовать его для свершения террористических актов против руководителей ВКП(б) и советского правительства.
В предъявленном обвинении Мержанов М. И. виновным себя признал, однако отрицает свою причастность к антисоветской право-троцкистской террористической группе».
Обвинительное заключение было утверждено для особого совещания 27 февраля 1944 года.
Имея большой опыт оперативной и следственной работы, министр госбезопасности обратил внимание на отсутствие доказательств обвинения Мержанова, на то, что подготовка архитектора к совершению измены Родине в обвинительном заключении изложена необоснованно. Абакумов знал, что в Союзе архитекторов СССР была хорошо известна роль Мержанова как активного участника обороны Москвы. Несостоятельным оказалось и обвинение его в подготовке террористического акта в отношении руководителей коммунистической партии и государства: готовиться к этому у него не было необходимости, ибо он постоянно общался с этими людьми.
Выяснив также, что «шпион» и будущий террорист Мержанов «установил антисоветскую связь» только с теми, с кем его теснейшим образом связывали (не могли не связывать!) деловые, служебные отношения (Равдин, Панфилов, Парфианович), а «сообщниками» оказались только жена, его друг с женой и домработница, опытный чекист Авакумов усомнился в объективности обвинения. Но дать указание о пересмотре решения особого совещания — детища Сталина и Берии — полномочия не имел и искренне жалел архитектора.
Приняв душ, переодевшись в новую добротную одежду, Мержанов вошел в ту же, рассчитанную на четырех человек, но предоставленную ему одному камеру. Теперь в ней были еще и приличная мебель, и приемник, а накрытый стол манил деликатесами: давно утраченные, но притягательные атрибуты свободной жизни. И все-таки он принял решение: категорически отвергнуть заманчивое предложение. С ним и забылся в беспокойном сне в чистой уютной постели, свежесть какой не ощущал с 1943 года. Часа через два проснулся и больше не засыпал: вспомнил расставание с женой Елизаветой Эммануиловной, ставшей на его глазах в течение каких-то минут старухой, испуганного тринадцатилетнего сына Бориса. «Где жена? Освободили ли ее? Что с сыном?»
