Изнурительные допросы, действительно, шли один за другим. Следователь домогался получить показания. И вдруг новый психологический прием давления — шантаж. Ввели Николая Николаевича Парфиановича. Он вошел с понурой головой и даже не поздоровался. Его лицо выражало страшную усталость и отрешенность. Перед Мержановым предстал его давний сослуживец и даже друг, которого он перевел из Кисловодска в Москву, в свое ведомство. Следователь предложил ему повторить свои показания о Мержанове. Парфианович тихо проговорил: «Я не отказываюсь от своих показаний». Следователь огласил их. Показания компрометировали Мержанова, такого не было, такого не могло быть. «Эх, сломали волю моего друга», — подумал Мирон Иванович без всякой злобы на него, лишь с глубоким сожалением. Потом Парфианович все годы заключения переживал свою ложь во спасение, а через двенадцать лет, уже живя в Ленинграде, прислал Мержанову два покаянных письма.
Мержанов ожидал вызова в суд и рассчитывал как на последнюю надежду на свое выступление по обвинению. Однако судилище состоялось без участия обвиняемого и защиты во внесудебном порядке, на особом совещании при НКВД СССР.
8 марта 1944 года архитектора привели в комнату следователей. Сотрудник спецотдела НКВД ознакомил его с выпиской из протокола от 8 марта 1944 года. В разделе «постановили» осужденный прочитал: «Заключить в исправительно-трудовой лагерь сроком на 10 лет с конфискацией лично принадлежащего имущества». Он расписался и со вздохом отодвинул злополучную бумажку.
Были конфискованы золотые часы — награда наркомата обороны за проектирование и строительство лучшего в Европе санатория, уютная дача при станции Загорянка Ярославской железной дороги, построенная на трудовые средства архитектора, и многое другое. Мержанов спросил, в какой суд можно обратиться для обжалования постановления. Сотрудник НКВД объяснил, что выше особого совещания суда нет. Его постановление обжалованию не подлежит.
Сергей Борисович Мержанов, вспоминая рассказ деда, писал: «Уже через много лет, встречаясь с К. Ворошиловым и А. Микояном, он убедился, что даже в это страшное и непредсказуемое время, когда арестовать могли практически любого, то, что произошло с ним, было воспринято в кремлевских кругах с удивлением. Члены правительства атаковали Берию единственным вопросом, за что арестован Мержанов? Берия с деланым сожалением сказал: „Мне самому неприятно, но он во всем сознался“».
