Вначале борьбу с фашистскими оккупантами вели небольшие отряды и подпольные группы.
В первой половине 1943 года отдельные партизанские отряды были объединены в Первое соединение Молдавских партизан (командир — полковник В. А. Андреев, комиссар — секретарь ЦК КП(б) Молдавии И. И. Алешин). В сентябре 1943 года организуется Второе соединение молдавских партизан под командованием Я. П. Шкрябача.
Оба соединения к концу 1943 года превратились в большие сплоченные боевые коллективы. Они действовали на территории Украины в тесном контакте с партизанами генерал-майора Ковпака и с частями наступающей Красной Армии. Соединения проводили операции против немецко-фашистских захватчиков. Сотни молдавских партизан были отмечены высокими правительственными наградами, а отважным подрывникам Н. Фролову и В. Тимощуку было присвоено звание Героя Советского Союза.
Непосредственно на территории республики прославился своими действиями отряд «Советская Молдавия» под командованием А. Я. Мухина Вместе с Каменской подпольной организацией он освободил районный центр и два дня оборонял его до прихода частей Красной Армии.
Во время подготовки и проведения Ясско-Кишиневской операции в тылу врага на территории Молдавии действовали партизанские отряды «Советская Молдавия», им. М. В. Фрунзе, им. Сергея Лазо, им. Г. И. Котовского, им. К. Е. Ворошилова, им. М. И. Калинина и другие.
«Устойчивость тыла врага подрывали партизанские отряды, боровшиеся на оккупированной территории Советской Молдавии, преимущественно в районе Кишинева. Особенно активизировалась деятельность партизан в период подготовки Ясско-Кишиневской операции. В июле-августе здесь действовали партизанские отряды под командованием И. Е. Нужина, И. В. Анисимова и другие. Они нарушали важнейшие коммуникации противника в междуречье Прут — Днестр, наносили врагу неожиданные удары, держали его в постоянном напряжении. За несколько дней до начала наступления советских войск партизаны пустили под откос 8 воинских эшелонов с живой силой и боевой техникой врага, взорвали железнодорожный мост, подорвали на минах 1 танкетку, 2 бронетранспортера, разбили свыше 100 автомашин и 73 повозки с боеприпасами, взорвали 1 склад с боеприпасами и уничтожили много другой техники противника. Партизанами было уничтожено около 2 тыс. фашистских солдат и офицеров. Партизанские отряды поддерживали непрерывную радиосвязь со штабами 2-го и 3-го Украинских фронтов, сообщали им о передвижениях гитлеровских войск»
