В конце мая – начале июня 1943 года, когда шла операция «Шварц», дивизия отметилась очередной волной насилия против мирных жителей. Так, солдатами дивизии «Принц Евгений» были истреблены все жители деревень Дуб, Буковац, Мильковац, Дуба и Рудинци в районе Пива (Черногория): эсэсовцы не щадили ни детей, ни стариков, ни женщин. Общее число убитых составило около четырехсот человек.
Уже после провала операции «Шварц», летом 1943 года, дивизия СС «Принц Евгений» сожгла ряд деревень Восточной Боснии. 28 июня на территории современной общины Невесине было сожжено село Дони-Дрежань (тридцать шесть человек погибло), 29 июня на территории той же общины – село Лескови-Дуб (двести восемь человек погибло). 10 июля в деревне Кошутица были расстреляны шестьдесят девять местных жителей (боснийцев) в знак мести за немецкого солдата, убитого днём ранее в стычке с партизанами; среди казнённых было шестнадцать женщин и тридцать семь детей (двадцать одна девочка и шестнадцать мальчиков). 12 июля были уничтожены мусульманские деревни Ротимля (погибло шестьдесят шесть человек, из них двадцать пять – дети младше пятнадцати лет), Кошутица (погибло шестьдесят восемь человек, из которых тридцать шесть – дети младше пятнадцати лет) и Орашье (погибло пятьдесят девять человек). Большая часть убитых мирных жителей была сожжена заживо, а не расстреляна. 9 июля, ещё раньше, в заложники были взяты семнадцать жителей деревень Смртичи и Новосеоци (община Соколац). Их загнали в один из домов сербской деревни Балтичи, а утром следующего дня расстреляли.
Осенью 1943 года в Далмации от рук солдат дивизии СС «Принц Евгений» погибло много гражданских лиц, так или иначе сопротивлявшихся эсэсовцам. Во время боёв за Сплит с 17 по 30 сентября 1943 года солдаты дивизии СС «Принц Евгений» казнили двести тридцать человек – жителей Сплита и деревень Имотски и Синь, а после захвата Сплита казнили сорок восемь итальянских офицеров, среди которых были три генерала – командир артиллерии 18-го корпуса Сальваторе Пеллигра, командир сапёров 18-го корпуса Раффаэле Поликарди и командир 17-й приморской бригады Альфонсо Чигала Фульгози. 2 ноября недалеко от деревни Велика-Бара около Бачины были расстреляны сто семь человек – семьдесят шесть из деревни Бачина, двадцать пять из Чулумы, шесть из Планы и по одному из Перачко-Блато и Барбиры. Среди жертв было сорок человек моложе шестнадцати лет. 5 ноября в Сине были взяты в заложники и расстреляны двадцать пять человек в знак мести за потери дивизии СС в боях.
