В начале 1940-х гг. Грондейс на непродолжительное время поселился в Париже, где в 1941 г. защитил докторскую диссертацию «Византийская иконография распятия Христа». К началу Второй мировой войны он возвратился в Голландию, где продолжил преподавательскую деятельность в оккупированной Германией Голландии. После нападения в июне 1941 г. нацистской Германии на Советский Союз немцы, учитывая его знание России, оказывали давление на Грондейса, с тем чтобы он выступил с публичными лекциями и в прессе против СССР. Но в опубликованной в июле 1941 г. в амстердамской газете De Telegraaf статье «Русский солдат»[19] он, напротив, высоко оценил как качества русских солдат, так и усилия России в годы Первой мировой войны для достижения победы над Германией. Распространение статьи было запрещено, хотя автора и не арестовали.
После освобождения Голландии Грондейс попал под подозрение в сотрудничестве с нацистами. В 1944 г., еще во время оккупации, он получил должность полного профессора иконографии и религиозного искусства университета в Утрехте – в то время, когда учебная жизнь в университете почти остановилась. Кроме того, он не избегал контактов с членами голландского Национал-социалистического движения и с оккупационными властями. Предъявленные ему обвинения в итоге были с него сняты, и он продолжил работу в университете в должности профессора. После смерти своей второй жены Лодевейк Грондейс в июле 1948 г. женился на Эллен Гудрун Брукс. В 1949 г., в возрасте 70 лет, он ушел из Утрехтского университета, но продолжил активную публикаторскую деятельность.
Лодевейк Грондейс прожил долгую и богатую событиями жизнь, значимая часть которой была связана с Россией. Он скончался 17 марта 1961 г. в Гааге от сердечного приступа в возрасте 82 лет в комнате для фехтования, занимаясь своим любимым видом спорта. Его документальное наследие, большая часть которого связана с русской историей и славянской культурой, до сих пор практически не известно в России.
По словам одного из биографов М. Янсена, Грондейс в своих взглядах придерживался крайне правых воззрений, но при этом «был слишком элитарен для массовых движений, таких как национал-социализм и нацизм». Предложение, сделанное ему главой голландских нацистов A. A. Мюссертом, вступить в Национал-социалистическое движение осталось без ответа. По замечанию Янсена, Грондейс был приверженцем традиций и власти, порядка и дисциплины. На протяжении своей жизни он выступал против революции и социализма не только как журналист и писатель, но и принимал непосредственное участие в военных столкновениях. При этом он «имел мало общего с парламентской демократией» и не любил мелкую и крупную буржуазию
