Царь постоянно возлагал на Годуновых заботу о младшем сыне. Отправляясь в военные походы, он оставлял Федора в безопасном месте под их присмотром. Положение Бориса было весьма почетным, но оно ограничивало поле его деятельности стонами дворца. Когда одни его сверстники служили в приказных и дипломатических ведомствах, а другие обороняли крепости от врагов, Борис усердно постигал тайны дворцовых интриг.
В конце Ливонской войны в царской семье произошли события, круто изменившие судьбу Годуновых. В ноябре 1581 г. царь поссорился со старшим сыном и в припадке гнева избил его заодно с беременной женой, у которой случился выкидыш. От страшного нервного потрясения и побоев царевич Иван слег и вскоре умер.
Смерть старшего брата открыла перед Федором путь к трону. Окружению Федора эта смерть была исключительно выгодна, Случись все позже, молва непременно обвинила бы Бориса и в этой трагической случайности. Но Годунов не успел еще навлечь на себя ненависть бояр, и на первый раз клевета миновала его. Более того, поздние легенды выставили поведение Бориса в выгодном для него свете. Царский любимец будто бы пытался заступиться за наследника перед отцом, за что был жестоко избит и тяжко заболел.
Источник, сохранивший эту легенду, не отличается достоверностью. Однако факт остается фактом. Трагедия в царской семье испортила отношения между Грозным и его любимцем. На то были свои причины. Пока царевич Иван был жив, отца не слишком волновали семейные дела Федора. В течение многих лет у Федора не было детей. Бездетность будущего удельного князя отвечала высшим государственным интересам. Когда Федор стал наследником престола, положение изменилось. Сохранение его брака с Ириной Годуновой неизбежно обрекало династию на исчезновение. «Бесплодие» Ирины давало царю удобный предлог для развода сына. Борис Годунов всеми силами противился этому. Развод грозил разрушить всю его карьеру. Строптивость любимца вызвала гнев Ивана.
Надломленный горем, царь не осмелился поступить с младшим сыном так же круто, как со старшим. А уговоры не помогали. Царевич и слышать не желал о разлуке с женой. Годунова далеко превосходила мужа по уму и была гораздо практичнее его. За многие годы замужества она приобрела над Федором большую власть. Но Иван все же нашел способ выразить отрицательное отношение к браку Федора с Годуновой. Не питая иллюзий насчет способности Федора к управлению, Грозный поступил так, как поступали московские князья, оставляя трон малолетним наследникам. Он вверил сына и его семью попечению думных людей, имена которых назвал в своем завещании. Считают обычно, что во главе опекунского совета царь поставил Бориса Годунова. Критический разбор источников обнаруживает ошибочность этого мнения.
