Отставке Мстиславского предшествовала сложная закулисная борьба, в которой едва ли не решающую роль сыграл главный дьяк думы Андрей Щелкалов. Писатель Смутного времени Иван Тимофеев называл Щелкалова наставником Бориса, научившим его одолевать благородных. Тимофеев служил под началом Щелкалова и знал больше других. Глава приказной бюрократии в самом деле помог Годунову выдержать столкновение с Мстиславским.
Современники характеризовали Щелкалова как человека исключительно умного и пронырливого. Дьяк обладал удивительной работоспособностью. Не зная покоя ни днем, ни ночью, он работал как мул. Щелкаловы были выходцами из посадской среды. Дед Андрея торговал скотом. Его называли конским барышником. Отец Щелкалова начал карьеру как поп, а закончил ее в должности дьяка. После 20-летней службы в приказах Андрей Щелкалов стал одним из ведущих деятелей земщины. Борис искал его дружбы и в порыве благодарности даже называл безродного дьяка отцом. Большего унижения себе он не мог придумать. У Годунова были причины заискивать перед руководителем земщины.
В начале 1585 г. переводчик Посольского приказа Яков Заборовский, будучи в Польше, передал полякам исключительно важную информацию о положении в Москве. По его словам, русские окончательно «договорились между собой, и из них только двое держат в своих руках управление всей страной и царством Московским: одного из них зовут Борисом Федоровичем Годуновым… а другой — временный правитель или нечто вроде этого — Андрей Щелкалов»; он (переводчик) думает, что «положение Щелкалова более прочное, чем у зятя князя».
Земщина не простила Годунову его опричного прошлого. Чем выше он возносился, тем острее чувствовал непрочность своего положения. Многие считали Бориса не более чем временщиком. Между тем Федор обладал слабым здоровьем, и ему предрекали короткую жизнь. Он смертельно заболел и едва не умер в первый же год царствования. Борис прекрасно понимал, что кончина Федора привела бы к быстрому крушению его карьеры, и лихорадочно искал выхода.
В начале 1585 г. Годунов направил нескольких доверенных лиц в Вену. Переговоры с венским двором были окружены строжайшей тайной. Но поляки вскоре же проведали о них. Переводчик Заборовский, непосредственно участвовавший в переговорах, снабдил их точной информацией. Его разоблачения носили сенсационный характер.
Не рассчитывая на то, что Ирина Годунова сохранит трон после смерти мужа, Борис тайно предложил Вене обсудить вопрос о заключении брака между нею и австрийским принцем и о последующем возведении принца на московский трон
