Новое правительство с первых же шагов столкнулось с немалыми финансовыми затруднениями. По традиции царь, взойдя на престол, раздал крупные суммы денег дворянству по случаю своей коронации. Немалый ущерб нанесло казне хозяйничанье опекунов. Но причины возникших трудностей коренились все же не в этом. Вместе с разоренной страной боярское правительство получило в наследство от Грозного полностью расстроенные финансы. Приступив к упорядочению финансовой системы, оно должно было считаться с реальным положением дел.
Важнейшим фактором формирования политики стали народные движения. Некоторые исследователи (например, П. П. Смирнов) полагали, что возбудителями их были бояре, боровшиеся за власть, другие (С. В. Бахрушин) — движущей силой восстаний считали городские низы, поднявшиеся на антифеодальную борьбу.
Факты заставляют признать, что наряду с городскими низами и купечеством против правительства с оружием в руках выступали дворяне. Именно они подали сигнал к восстанию, вспыхнувшему сразу после смерти Грозного. Молодой сын боярский, повествует летописец, проскакал тогда по столичным улицам, вопя во весь голос «в народе, что бояр Годуновы побивают». Когда сбежавшаяся отовсюду толпа осадила Кремль, рассказывает другой летописец, «дети боярские многие на конех из луков на город стреляли». В мятеже участвовали «ратные московские люди», пришедшие «с великою силою и со оружием к городу». Среди мятежников оказались не только рядовые служилые люди, но и знатные земские дворяне из провинции. В ходе расследования выяснилось, что «заводчиками» мятежа были «большие» рязанские дворяне Ляпуновы (из этой семьи вышли знаменитые деятели Смуты) и Кикины, а также «иных городов дети боярские».
После выступления посада и вооруженных дворян противиться боярское правительство уже не могло. 20 июля 1584 г. дума утвердила закон об отмене податных привилегий крупных землевладельцев, так называемых тарханов. Князья церкви и крупные землевладельцы лишались льгот и должны были платить подати наравне со всеми землевладельцами. Правительство старалось таким путем ослабить экономический кризис и завоевать симпатии разоренного мелкого дворянства. Издавая закон об отмене податных привилегий светской и духовной знати, власти особо подчеркивали, что вводят эту меру на неопределенное время «для воинского чину оскудения», «покаместа земля поустроитца и помочь во всем учинитца царским осмотрением». Политика более равномерного обложения отвечала интересам оскудевшего «воинского чина». Но наибольшие выгоды из этой политики извлекло все же не дворянство, их извлекла казна.
