Геодинамическая теория возникновения эпидемии чумы В.Г. Трифонова и А.С. Кархаряна хоть и базировалась на данных, полученных в ходе проведенных в районе Тянь-Шаня масштабных полевых исследованиях, однако, в отечественных научных кругах поддержки она так и не получила. Вместо этого, под влиянием теории природной очаговости трансмиссивных болезней человека, продолжилось исследование «Черной смерти». Именно влияние этой теории прослеживается в опубликованной в 2005 г. статье М.В. Супотницкого [Супотницкий М.В., 2005]. Развивая далее данную теорию, исследователь указал на то, что на начало «Черной смерти» повлияло взаимодействие трех больших групп природных чумных очагов: реликтового северо-западного, Русской равнины и Великого Евразийского чумного «излома».
Первая группа и вторая группа чумных очагов была локализована М.В. Супотницким в четырехугольнике Великие Луки — Вологда — Кострома — Смоленск. Ее активизация произошла еще до начала Второй пандемии чумы. Первая вспышка чумы в этом очаге зафиксирована в 1229–1230 гг. в Смоленске, где погибло до 32 тыс. человек. Во время Второй пандемии Черная смерть в этом очаге проявила свою активность в 1349–1353 гг. в Полоцке, Смоленске, Пскове, Новгороде, Белоозере. В 1364–1366 гг. наблюдалось распространение чумы в северо-восточных русских городах: Москве, Переславле, Коломне, Владимире, Суздале, Дмитрове, Можайске, Вологде, Рязани, Коломне и Волоке. В 1387–1390 гг. чума вновь проявилась в Новгороде и Пскове.
Третья группа природных очагов представляет собой гигантскую последовательность природных очагов чумы, расположенных от Йемена на юге и до южных отрогов Урала на севере. Самые крупные из них располагались на территории Улуса Джучи. Центр ордынских природных очагов находился близ города Бельджамен. Пик активизации этой группы очагов пришелся как раз на время распространения «Черной смерти», и именно в ордынских землях началось ее «победное шествие». Одним из факторов, приведших к возникновению болезни, стали, по мнению М.В. Супотницкого, климатические изменениями второй половины XIV в. [Супотницкий М.В., 2005: 20–30].
Другой важной теоретической работой, написанной под влиянием теории природной очаговости трансмиссивных болезней человека и опубликованной в середине 2000-х гг., считается монография супругов Сунцовых [Сунцов В.В., Сунцова Н.И., 2006]. В этом исследовании авторы постарались, используя экологический подход к изучению генезиса природных и антропогенных очагов чумы, реконструировать процесс возникновения пандемии чумы. В результате была предложена концепция двух этапов генезиса природных чумных очагов. На первом, естественно-историческом этапе, в эпоху конца позднего плейстоцена (22–15 тыс. лет назад), по мнению авторов исследования, на обширных степных пространствах Центральной Азии произошло формирование биологической паразитарной системы «
