11 ноября 1880 года кандидатура Менделеева была поставлена на голосование. Реакционным кругам вместе с Веселовским удалось устроить дело таким образом, чтобы враждебная Менделееву группа большинством в один голос (включая два голоса, принадлежавших президенту Академии наук Н. Ф. Литке) забаллотировала великого ученого. Известие об этом решении вызвало бурю протестов во всех научных центрах России. Университеты, научные общества, отдельные ученые протестовали против интриг знати и решения Академии наук. В газетах появилось множество статей, очерков и фельетонов, посвященных положению в Академии наук. В газете «Молва» в ноябре 1880 года был напечатан сатирический очерк «В святилище науки». Под именами выведенных здесь персонажей читатель угадывал действительных участников реакционной группы. В очерке высмеивался некий академик по математике, заслуги которого сводились к корректуре таблицы логарифмов, затем механик, придумавший новый замок к несгораемому шкафу, зоолог, пытавшийся «скрещивать леща с зайчихой», в молодости блиставший в гостиной некой графини, выхлопотавшей ему впоследствии академическое кресло. Вся эта компания спрашивала: «Кто этот Менделеев?» Подобных откликов в русской печати было немало. Газета «Голос» писала, что представители реакционной группы не хотят допустить Менделеева в состав Академии, так как этот энергичный и яркий человек не ко двору в Академии, старавшейся отгородиться от жизни. «Как впустить такого беспокойного человека в это сонное царство? Да ведь он, пожалуй, всех разбудит и, чего боже упаси, заставит работать на пользу родине».
Крупный химик академик А. М. Бутлеров опубликовал статью «Русская или императорская Академия наук?» Здесь он клеймит царских сановников и говорит, что низкопоклонство в отношении к зарубежной науке препятствует прогрессивной научной деятельности Академии. Бутлеров писал, что академическая атмосфера не дает дышать честному, прогрессивному ученому. «Не удивительно, что задыхающийся всеми силами рвется к чистому воздуху и прибегает к героическим средствам, чтобы пробить к нему путь».
Крупнейшие русские химики опубликовали свои коллективные письма с протестом против деятельности реакционной группы, не допустившей Менделеева в Академию наук. На заседании русского физико-химического общества под председательством А. М. Бутлерова было принято обращение к Менделееву, в котором говорилось:
«Дмитрий Иванович! Члены русского химического общества, присутствующие в настоящем заседании, приветствуют Вас, как ученого, равного которому русская химия представить не может, и, в знак своего глубокого уважения к высоким заслугам Вашим в развитии химии, единогласно предлагают Вас в почетные члены физико-химического общества.
