В 1892 году капитан Миллер успешно окончил Академию Генерального штаба и получил назначение в Финляндский военный округ. В 1896 году подполковник Миллер служил военным агентом (военным атташе) в Бельгии и Голландии. Такая служба давала практику военного разведчика и позволяла увидеть европейские армии своими глазами. Здесь же Миллер проявил себя как дипломат: принял участие в подготовке первой мирной конференции в Гааге, созванной по инициативе Николая II. В 1901 году за отличия по службе Евгений Карлович был произведен в полковники и переведен военным агентом в Рим.
В 1907 году его дипломатическая служба закончилась. Миллер командует 7-м гусарским Белорусским полком, а затем 7-й кавалерийской дивизией. В 1909 году 42-летний генерал-майор назначается начальником родного ему Николаевского кавалерийского училища. В конце 1912 года — начальником штаба Московского военного округа.
Участник Первой мировой войны, с ее первых дней возглавил штаб 5-й армии. В 1915 году был произведен в генерал-лейтенанты. В январе 1917 года назначен командиром 26-го армейского корпуса.
В августе 1917 года Миллер был направлен в Италию представителем Ставки Верховного главнокомандующего при итальянском Главном командовании. Здесь его и застала Октябрьская революция. Активный участник Гражданской войны в России. В январе 1919 года прибыл в оккупированный англичанами Архангельск и был назначен главнокомандующим войсками контрреволюционного «правительства Северной области» эсера Николая Васильевича Чайковского.
В том же январе, будучи председателем Временного правительства Северной области и одновременно управляющим отделом иностранных дел правительства, Чайковский выехал в Париж для участия в мирной конференции и… остался в эмиграции.
После эмиграции Чайковского Миллер становится генерал-губернатором Северной области, её фактическим диктатором. В мае 1919 года «Верховный правитель России» адмирал Колчак назначает Миллера главнокомандующим войсками Северной области, а в июне — главнокомандующим Северным фронтом.
Обстановка в Северной области к тому времени складывалась следующим образом. В начале 1918 года северные районы России оказались под угрозой нападения… белофиннов. 18 марта в поселке Ухта, занятом финскими войсками, собрался Временный комитет по Восточной Карелии, принявший постановление о присоединении Восточной Карелии к Финляндии. Целью финского вторжения в Карелию и на Кольский полуостров были не только территориальные притязания, но и захват оружия, продовольствия и различного ценного оборудования, доставленного туда союзниками в 1915–1918 годах.
