С началом навигации 1902 года «Пахтусов» вышел в устье реки Кары для проведения гидрографических работ: ставились мореходные знаки. Во время экспедиции многие члены экипажа проявили исключительную выдержку, мужество, отвагу. Так, начальник экспедиции писал о Седове, что тот смел до безумия, а сам поручик только посмеивался, вспоминая различного рода передряги, в которые ему то и дело доводилось попадать…
От устья Кары «Пахтусов» направился к Новоземельским островам, где гидрографы, начиная с Карских Ворот и следуя дальше вдоль побережья, промеряли глубины, искали удобные фарватеры, якорные стоянки.
Суровая и величественная природа Севера зачаровала Седова. Он решил, что здесь на Севере, его место активной деятельности. Уже тогда у него созрела мечта о походе к Северному полюсу.
Весной 1903 года Седова назначили помощником начальника экспедиции. Забот у него прибавилось, а он лишь радовался, говорил сослуживцам: «Пригодится!»
Первую половину лета судно курсировало у побережья поблизости от Мурманска, где проводились обычные работы по картографированию берегов. Когда «Пахтусов» зашел в Архангельск, там, у причала, стоял американский корабль: его готовили в экспедицию к Северному полюсу, им командовал капитан Фиала. (Экспедиция финансировалась американским миллионером Циглером).
Седову представилась возможность побывать на этом корабле, поговорить с капитаном. Фиала показал ему корабельное оборудование, снаряжение; в разговоре небрежно сказал, что снаряжение экспедиции обошлось Циглеру в полмиллиона долларов, но миллионер не поскупился ради покорения полюса американцами.
Г. Я. Седова тогда сильно взволновало то, что иностранцы, а не русские имеют возможность первыми пробиваться к Северному полюсу.
…Экспедиция на «Пахтусове» продолжала работы до октября 1903 года. Все это время Георгия Яковлевича не покидали мысли об организации русской экспедиции к полюсу. Вскоре он выехал в Петербург со своими планами изучения Крайнего Севера. Однако эти планы пришлось отложить, так как в январе 1904 года разразилась русско-японская война.
Седова направили командовать небольшим миноносцем № 48 в Николаевск-на-Амуре. Узнав о гибели русского флота у Цусимы, он стал усиленно работать над тем, что могло содействовать осуществлению атак японских кораблей самодвижущимися минами. Ни один предложенный им проект не был одобрен и поддержан царскими чиновниками.
Как и многие прогрессивные люди страны, Георгий Яковлевич считал царизм повинным в поражении России в войне с Японией, в том, что она оказалась отсталой державой. И все-таки он в то время разработал и активно пропагандировал идею использования Северного морского пути, прежде всего для военного флота. В конце 1906 и начале 1907 годов об этом за его подписью появились статьи «Северный океанский путь» и «Значение Северного океанского пути для России» во владивостокской газете «Уссурийская жизнь».
