Общество занималось различными псевдонаучными экспериментами, в том числе и в ходе Второй мировой войны. Эксперименты эти велись даже над представителями арийской расы. Это стало известно ближе к концу двадцатого столетия, когда в одном из городов на юге Украины рабочие совершенно случайно наткнулись на необычное захоронение. Первоначально было решено, что это могильник скифов, однако на одном из скелетов был обнаружен германский солдатский медальон. У части останков были распилены вдоль позвоночники, у других не было голов, третьим произвели трепанацию черепной коробки, некоторые были похоронены вместе с катетерами, изготовленными из резины, в ступнях.
Чуть позже обнаружили и другие захоронения, засыпанные известью или хлором. На многих телах явственно проявлялись следы химических воздействий. В гробах зачастую находили кварцевые стеклышки, с помощью которых нацисты пытались найти следы мутаций на клеточном уровне. У части захороненных проводились поиски «третьего глаза», так как их черепа были вскрыты сразу в нескольких местах. Эксперименты, проводившиеся специалистами из Аненербе, были направлены на выведение новой человеческой породы.
Ближе к концу 1935 г. Г. Вирт попал под домашний арест, под которым и находился вплоть до окончания Второй мировой войны. На его место пришел Генрих Гиммлер, а куратором Общества стал профессор Вальтер Вюрст, который в то время являлся ректором Мюнхенского университета. Генеральным секретарем Общества при нем стал историк В. Зиверс.
Кроме того, проводились эксперименты на «низших расах», причем подобного материала у нацистов было более чем достаточно, так как в концлагерях содержалось огромное количество пленных солдат и мирных жителей европейских стран. Некоторых испытуемых помещали в барокамеры и проверяли на них воздействие высокого давления до тех пор, пока они не умирали. Другим впрыскивали смертельные дозы вирусов тифа или гепатита. В концлагере Равенсбрюк, где содержались только женщины, пленным специально наносили раны и доводили их до гангрены, на других проводили эксперименты по пересадке костей. В Дахау и Бухенвальде на цыганах осуществляли исследования, связанные с тем, сколько времени может прожить человек, питаясь лишь соленой водой. В других лагерях широко изучались способы стерилизации людей. Для этой цели было найдено достаточно эффективное средство – сок растения Caladium segunium, который способен обеспечить длительную стерильность. Доктор Адольф Покорны, руководивший большинством из этих опытов, писал Г. Гиммлеру: «Сама по себе мысль о том, что три миллиона большевиков, находящихся сейчас в немецком плену, могут быть стерилизованы и в то же время будут пригодны для работы, открывает далеко идущие перспективы».
