По мере укрепления самостоятельных государств орден все больше терял свое былое могущество. Тевтонцы еще нужны немецким феодалам для решения завоевательных задач, но их главный покровитель - римская курия уже сделала новую ставку в своей "крестовой" игре. Теперь ее интересы сосредоточились вокруг Польши: новое обширное государство сулило папе римскому гораздо большие материальные, духовные и в конце концов политические выгоды, чем искусственно созданное и поддерживаемое только силой меча образование тевтонских рыцарей.
Видимо, поэтому Тевтонский орден не получил от Святого престола той поддержки, на которую он рассчитывал, развязав новую войну с Польшей, получившую название Тринадцатилетней (1454-1466 гг.). В результате Торуньского мира, заключенного в 1466 г., к Польскому королевству отошли западные владения ордена - Гданьское поморье, земли Хелминьская и Михаловская, Мальборк, Эльблонг и епископство Вармия. Орден, столицей которого после потери Мальборка (Мариенбурга) стал Кенигсберг, признал себя вассалом польского короля.
Следующий мощный удар нанесла тевтонцам та самая династия Гогенцоллернов, возвышению которой они сами способствовали. Немецкий орден подписал себе смертный приговор в тот день и час, когда в 1511 г. избрал Альбрехта фон Ансбаха из рода Гогенцоллернов великим магистром. Предприимчивый "рыцарь церкви" быстро сориентировался в обстановке и неожиданно поддержал движение Реформации, перешел в протестантизм и секуляризовал владения католического ордена. 8 апреля 1525 г. в Кракове Альбрехт подписал с Польшей мирное соглашение, по которому он признавал себя вассалом королевства, но уже в качестве светского прусского герцога, а не гроссмейстера Тевтонского ордена.
По Краковскому договору старые привилегии тевтонцев утрачивали свою силу, однако все "права, индульгенции и иммунитеты" прусского дворянства, из которого позднее выросло юнкерство, оставались в силе. 10 апреля новоявленный герцог Пруссии Альбрехт Гогенцоллерн принял присягу королю польскому Сигизмунду Старому. Так сложилось второе звено будущего Бранденбургско-Прусского королевства, ради чего и был принесен в жертву Немецкий орден.
Государство, возникшее на развалинах ордена и на почве воинствующего клерикализма, возвело в ранг своей политики вероломство, помноженное на агрессивность и жестокость тевтонских рыцарей. Новое королевство, созданное путем слияния курфюршества Бранденбург с герцогством Пруссия в 1701 г., унаследовало разбойничьи навыки и методы Тевтонского ордена. Небольшое государство, занимавшее в Европе начала XVIII в. десятое место по размерам территории и тринадцатое - по численности населения, Пруссия имела непомерно раздутую армию (четвертую по величине в Европе) и огромные великодержавные амбиции. Война, по меткому замечанию Мирабо, превратилась в "национальное ремесло Пруссии".
