Больше всех, как бывает в таких случаях, обвиняли самого младшего, т. е. комбрига. Обвинения в его адрес сводились к тому, что Прокофьев не обучил как следует командира С-117 и сам не пошел в море именно на этой подводной лодке. Вскоре после возвращения-из Москвы капитана 1-го ранга В. М. Прокофьева свалил инфаркт.
Из воспоминаний бывшего флагмеха 90-й бригады подводных лодок Даниила Фланцбаума: «Когда пришли к выводу, что поиски С-117 безрезультатны, об этом доложили в Москву, и через некоторое время в Советскую Гавань прибыла Государственная комиссия для расследования катастрофы, не помню уже, под чьим председательством. Помню, что в составе ее был очень уважаемый флотскими инженерами главный инженер-механик ВМФ Дробышев.
Комиссия разделилась на две части: одна ее часть работала в штабе флота (в 7–8 километрах от нашей бухты Постовой), которым в то время командовал Холостяков, другая часть работала в нашем соединении, в бухте Постовой. Проверяли все так жестко, что иногда беседы с членами комиссии напоминали допросы. Исключение составлял главный инженер-механик ВМФ Дробышев, сохранявший интеллигентность в этих тяжелых обстоятельствах. Меня вызывали на беседу в штаб флота по поводу технического состояния С-117 и подготовленности электромеханической части ее экипажа. За неимением других средств, за мною прислали мотоцикл с коляской. Помнится, после двадцатиминутной поездки в открытой коляске при 25-градусном морозе мне пришлось долго оттирать заиндевевшее лицо. Беседа, однако, была доброжелательной, каких-либо конкретных претензий нам не предъявили.
Примером бездушия и грубости был вызов на беседу вдовы командира лодки Лидии Красниковой. Один из членов Госкомиссии, высокопоставленный политработник, задал ей вопрос: «Скажите, а не мог ли ваш муж увести лодку в США или Японию?» Бедная женщина, едва державшаяся на ногах от горя, ничего не ответила и со слезами выбежала в коридор штаба.
К счастью, Госкомиссия не сумела найти существенных нарушений в работе нашего соединения, никого не арестовали и не отдали под суд, как это зачастую практиковалось в те времена. Для порядка, нашего командира соединения В. М. Прокофьева снизили до должности начальника штаба нашей же бригады, а начальника штаба Ю. Бодаревского и начальника политотдела А. Н. Пикулина сняли с должностей и назначили куда-то без значительного понижения. В. М. Прокофьев, впрочем, вскоре был восстановлен в должности командира соединения, а в дальнейшем служил в Главном штабе ВМФ».
