С 1603 года английским королем стал Иаков II, начавший выгонять их из страны. Пуританами стали называть всех противников королевского режима, религиозные общины стали объединяться с оппозиционными политическими партиями. К середине XVII века пуритане разделились на пресвитериан и индепендентов. Independents — «независимые» считали, что общинами верующих должна управлять воля самих верующих, воля большинства. Духовенство должно жить своим трудом и добровольными приношениями верующих. Церковь должна уйти из школ. В Англии ХVII века отделение от государственной церкви считалось преступлением против власти. Несколько «независимых» были казнены, многие эмигрировали в Голландию. Сотрудничавших с властью пресвитериан индепенденты называли лицемерами, отбрасывающими комара, но пропускающими верблюда.
Индепендентами становились лучшие представители всех слоев английского общества, честные и энергичные люди, глубоко верующие и неспособные идти на сделку с совестью. Эти люди быстро стали силой, с которой приходилось считаться.
В период Английской революции индепенденты, левое крыло пуритан, стали политической партией радикальной буржуазии и нового дворянства во главе с руководителем восставшего народа Оливером Кромвелем, поднявшимся против короля Карла I.
В 1640 году на выборах в Долгий парламент победили пресвитериане, но реформированная Кромвелем армия стала индепендентской. Она громила кавалеров Карла I и стала требовать радикальных реформ для обычных людей. В 1648 году пресвитериане попытались распустить армию Кромвеля, который тут же с солдатами ворвался в Лондон, распустил Долгий парламент и взял власть. Среди индепендентов восстали левеллеры Д. Лильберна, но были разбиты. Король попытался вернуть власть, но индепенденты объединились и разбили войско короля, который в 1649 году был казнен, а палата лордов распущена. Индепенденты во главе с Оливером Кромвелем правили Англией до 1660 года.
Реставрация королевской династии Стюартов закончила политическую власть пуритан. После смерти Кромвеля партия индепендентов быстро прекратила свое существование, а ее члены подверглись преследованиям. После революции 1688 года и прихода к власти Вильгельма IV Оранского пуритане опять получили возможность спокойного существования. Они чрезвычайно много сделали для распространения образования и культуры среди английского народа.
Огромную роль пуритане сыграли в Северной Америке. В 1620 году из голландской гавани отплыл в будущие Соединенные Штаты Америки первый корабль с английскими пуританами, и его название «Майский цветок» навсегда вошло в историю США. Оплотом «чистых» стал Массачусетс, превращенный ими в образцовую общину.
