В 361 г. Констанция на императорском троне сменяет Юлиан, горячий поборник язычества, мечтавший восстановить языческие культы и уничтожить христианскую веру. Он приказывает Афанасию покинуть пределы Египта. Афанасий делает вид, что исполняет его приказ, но тайно поселяется в Нижнем Египте и только после смерти Юлиана (363 г.) возвращается в Александрию. В царствование Валента он еще раз, теперь уже в последний, почти на год покидает родной город; в 366 г. он возвращается и живет там до самой смерти.
В полемике с арианами Афанасий первым изо всех христианских деятелен развил основной догмат православия, о единстве природы бога-отца и сына и потому назван был «отцом православия». Его сочинения оказали влияние и на каппадокийцев, и на западных богословов.
Немало сочинений Афанасий посвятил эксегезе («Толкование на псалмы», «Из бесед на Евангелие от Матфея», «Из толкования на Евангелие от Луки» и др.), где он следует аллегорическому методу александрийской школы.
В лице Афанасия мы имеем еще и интересного автора агиографического жанра. Его житие Антония Египетского — замечательный памятник агиографической литературы: по богатству содержания и формы, по оригинальности, простоте и живости изложения, еще свободного от непременных условностей такого жизнеописания, этот памятник ранней агиографии не может найти себе равных. Если в более поздней агиографии все заметнее становятся трафаретные приемы (в композиции, эпитетах, метафорах), то у Афанасия этого еще нет. В своем повествовании он использует все многообразие выразительных средств, как композиционных, так и стилистических. Житие написано в форме письма — автор обращается к христианам различных вероучений (к православным, манихеям, мелетианам, арианам) и к язычникам. Авторскому тексту свойственно спокойно-замедленное повествование, близкое к повествованию эпическому. Обращает на себя внимание использование Афанасием традиционных правил и приемов античной риторики в двух речах Антония (гл. 16–43 — о дьявольских наваждениях и гл. 74–80 — ответ Антония языческим философам). Так, в этом сложном по жанровой природе произведении христианская проповедь уживается с биографическим энкомием. Богатство формы позволило Афанасию наполнить свое произведение разнообразным и значительным содержанием.
