Следующий жанр, широко распространенный в христианской прозе IV–VI вв., — жанр эксегезы; ему отдали дань все видные христианские писатели. Своими корнями этот жанр также уходит в область языческой литературы, в которой толкование сочинений Гомера, Пиндара, Платона, Аристотеля и других знаменитых авторов древности имело давнюю и непрерывную традицию.
Христианская эксегеза Александрийской школы с ее аллегорическим методом представлена для нас прежде всего сочинениями Афанасия: «Толкование на псалмы», «Из бесед на Евангелие от Матфея», «Из толкования на Евангелие от Луки» и др. Метод толкования Афанасия крайне сложен не только потому, что он стремится видеть аллегорию почти в каждом слове священного Писания, но и потому, что свои мысли он выражает темным языком, с нарочитой возвышенностью, прибегая к сложным синтаксическим построениям.
К той же школе принадлежит и Григорий Нисский; испытав огромное влияние неоплатонизма, со своей склонностью к созерцательно-философским размышлениям, Григорий тяготеет к отвлеченным богословским рассуждениям о природе человека, о порядке мироздания. Так, например, в «Толкованиях к надписаниям псалмов» от рассуждений о смысле музыки он переходит к космогоническим и теологическим вопросам мироздания. Его толкования эклектичны: в них встречаются мысли пифагорейцев, стоиков, перипатетиков, неоплатоников, и это весьма показательно для мыслителя переходной эпохи от античности к средневековью.
Более рационалистична эксегеза в трудах представителей историко-грамматической Антиохийской школы — прежде всего Василия Кесарийского и Иоанна Златоуста; так, в первой беседе на псалмы Василий касается приблизительно той же темы, что и его младший брат Григорий, но эта тема развивается уже не в возвышенно-философском плане, а в плане реально-этическом с сильным дидактическим уклоном. При разъяснении содержания псалмов Василий весьма часто использует сравнения, взятые из реальной, повседневной жизни — из области домостроения, кораблестроения или из жизни земледельцев, купцов, странников. Такие сравнения делали эксегезу Василия чрезвычайно популярной, доступной для людей любого социального положения.
Также и в объяснениях текстов Ветхого Завета Василий более «реалистичен», более прост и доступен, чем Григорий Нисский. Его «Беседы на Шестоднев» (цикл проповедей о сотворении богом мира в течение шести дней) представляют собой подробные ответы на четко поставленные вопросы, где изложение сопровождается остроумными сравнениями и антитезами. Иногда для убедительности Василий прибегает к методу доказательства от противного.
