В то же время отделом по борьбе с преступлениями по должности были обнаружены вопиющие злоупотребления в мастерских военного обмундирования (проведено восемь дел). В торговых организациях и учреждениях найдено много неучтенных товаров и тайные склады готовых изделий (склад тканей Королева на сумму 3 миллиона рублей, склад Левинсона на 2 миллиона рублей). Особенно много злоупотреблений вскрыто в Центротекстиле и в продовольственных органах, где нашли себе теплые местечки бывшие торговцы, предприниматели и прочие дельцы.
Отделом по борьбе с контрреволюцией за май — август 1919 года раскрыта и закончена следствием не одна сотня дел, среди них дела участников совершения террористических и диверсионных актов, белогвардейских шпионских групп и организаций, тайных складов оружия, похитителей шифров и телеграмм на имя В. И. Ленина.
В делах фигурируют эсеры и меньшевики, кадеты и анархисты, белогвардейцы и приближенные царского двора, сотрудники иностранных посольств, консульств и Красного Креста.
В тяжелые сентябрьские дни 1919 года, когда Деникин приближался к Москве и уже паника охватила обывателей, а контрреволюционные организации усилили заговорщическую, шпионскую и террористическую деятельность, положение в столице сложилось весьма тяжелое. Но Советское правительство, возглавляемое В. И. Лениным, не дрогнуло. Оно приняло действенные меры по организации отпора врагу. Для защиты Москвы и наведения в ней революционного порядка был образован Комитет обороны, в котором одну из самых важных задач выполнял Ф. Э. Дзержинский. Работа ВЧК и МЧК в это трудное для страны время была особенно напряженной.
25 сентября 1919 года контрреволюционерами была брошена бомба в здание Московского комитета партии в Леонтьевском переулке. Вначале чекисты полагали, что взрыв совершен белогвардейцами. Это мнение основывалось на том, что как раз в это время были раскрыты белогвардейские организации «национального» и «тактического» центров, и мы начали розыски по этому пути. Но случилось следующее.
В вагоне поезда, шедшего из Москвы в Брянск, красноармейцы и рабочие разговаривали о взрыве в Леонтьевском переулке и высказывали свое возмущение действиями белогвардейцев. В разговор вмешалась девушка. Она заявила, что взрыв, возможно, совершили не белогвардейцы, а настоящие революционеры и защитники народа. Красноармейцам это показалось подозрительным. Они задержали девушку и передали органам транспортной ЧК. Оказалось, что она состояла в анархистской группе «Набат» и по заданию этой организации ехала для связи с анархистами в Брянске. При ней было найдено письмо одного из лидеров группы «Набат», в котором он писал своему единомышленнику о том, что взрыв здания Московского комитета партии большевиков произведен боевой группой «анархистов подполья».
