Подавлением левоэсеровского мятежа руководили председатель Высшей военной инспекции Н. И. Подвойский и начальник Латышской стрелковой дивизии И. И. Вацетис. Вечером 6-го числа была арестована фракция левых эсеров съезда Советов во главе с Марией Спиридоновой. Ударной силой большевиков по ликвидации выступления своих, уже бывших, союзников стали красные латыши.
В 2 часа ночи 7 июля позиции мятежников были окружены советскими войсками, которые в 6 утра начали наступление. Левых эсеров обстреляли из пушек после того, как они отказались сложить оружие. Около 300 человек сдалось в плен. Остальные рассеялись, их преследовали. На следующий день 13 мятежников, в том числе Александрович, задержанные с оружием в руках, были расстреляны по постановлению ВЧК.
Вслед за выступлением левых эсеров в Москве, на Восточном фронте произошел так называемый мятеж Муравьева. Вооруженные столкновения имели место при разоружении боевых дружин левых эсеров в Петрограде, Витебске, Владимире, Орше и других городах.
Антонов-Овсеенко не был среди руководителей подавления левоэсеровского мятежа в самой Москве. Ему поручалось преследование вырвавшихся из столицы отряды мятежников, которые отступали в направлении города Владимир. Их вскоре настигли в 30 верстах от Москвы. Были захвачены пленные, а в числе трофеев значились орудия и пулеметы. О каких-то серьезных боях в той операции сведений нет.
Когда в середине июля вспыхнул так называемый антисоветский Ярославский мятеж, В. А. Антонов-Овсеенко был назначен уполномоченным Совнаркома по его подавлению. Но член Высшего военного совета сумел прибыть в город только тогда, когда бои в нем уже закончились. С группой партийных агитаторов он побывал в Шуе и Иваново-Вознесенске, выступая на многочисленных митингах.
В июле и августе 1918 года Владимир Александрович исполнял обязанности народного комиссара по морским делам. Были серьезные опасения, что германский флот появится в водах Финского залива, на ближних подступах к Кронштадту и Петрограду. Антонов-Овсеенко дает предписание командованию Балтийским флотом готовиться к постановке минных заграждений. То есть дополнить те обширные минные поля, которые были поставлены в начале Первой мировой войны.
9 августа штаб Балтийского флота получил экстренную телеграмму: «Минное заграждение поставить немедленно». Телеграмма была подписана В. И. Ульяновым (Лениным) и В. А. Антоновым-Овсеенко.
В августе – сентябре 1918 года народный комиссар по военным делам был командирован Совнаркомом в Берлин для участия в переговорах с правительством Германии. Рассматривались вопросы взаимоотношения двух государств, раздираемых политическими противоречиями.
