Несмотря на резкую критику, кандидатскую степень Пронштейну все же присудили, но заставили уехать из Москвы. Так Александр Павлович Пронштейн оказался в Ростове-на-Дону, где стал заниматься совершенно другой научной темой — историей Дона и донского казачества.
Восставшие просили атамана Иловайского ходатайствовать об этом перед императрицей Екатериной II. Но атаман не рискнул пойти против монаршей воли и объявил казаков «извергами» и «бунтовщиками государственными». В ответном послании казаки отказались признать себя мятежниками и заявили, что имеют лишь одно заветное желание — жить на Дону. Атаману был предложен компромисс, казаки указали, что, если начальство полагает кубанские земли столь привлекательными для поселения, почему бы туда не переселить крестьян, которыми в избытке владела донская магнатская верхушка. В свою очередь, казаки обещали отправлять регулярный наряд для охраны мирных колонистов. Вряд ли восставшие рассчитывали на сговорчивость войскового правительства, сплошь состоявшего из землевладельцев. Скорее такое предложение было еще одной формой протеста против притеснений и попрания старых казачьих традиций.
Иловайский мобилизовал все доступные силы для борьбы против опасного неповиновения. Угрозы сменились арестами казачьих вожаков. Одумавшимся обещали прощение, упорствующим — суровую кару. Благодаря энергичным действиям Иловайскому и войсковому правительству удалось к январю 1794 года замирить большую часть бунташных станиц. Несломленными остались только пять станиц-соседок: Есауловская, Кобылянская, Пятиизбянская (родина Белогорохова), Нижне-Чирская и Верхне-Чирская.
Это были большие станицы с общим населением 18 тысяч человек. Большую его часть составляли казаки-старообрядцы, не питавшие никаких иллюзий насчет милосердия власти. Власть в станицах перешла в руки восставших, казаки-лоялисты были отстранены от должностей, а некоторых из них подвергли публичному поношению. Вожаком казаков-свободолюбцев стал есаул Иван Рубцов из Нижне-Чирской. Казакам он говорил, что атаман Иловайский их предал и они ему ничем не обязаны. Рубцов планировал идти на Черкасск и не скрывал намерения перевешать всех правительственных чиновников, а затем восстановить казацкую власть на вольном Дону. Историк Павел Юдин так передал призыв Рубцова, обращенный к братьям казакам: «Что будет, то и будет, братцы, а уже мы постоим за себя. Коли неудача будет, махнем на Дунай к некрасовцам. Турки нас с честью примут. Ничего, что басурманская земля».
