Обращает на себя внимание, как ОГПУ определяло периоды в деятельности организации. Первый якобы был направлен на разоружение заводов и выведение их из строя, второй — на препятствование восстановлению заводов, например, путем направления капиталовложений на второстепенные объекты, создания на производстве узких мест, третий будто бы совпадал с масштабной программой капитального строительства и знаменовал переход к плановому вредительству и срыву мобилизационного развертывания. Таким образом, рисовалась удивительная способность «вредителей» следовать политике партийного руководства и выстраивать под нее свою деятельность. Сами по себе обвинения, предъявленные «вредителям», воплощали в себе все присущие советской экономике того времени недостатки, огрехи и трудности. Особенно поражает, каким образом благие намерения В.С. Михайлова постоянно оборачиваются против него и расцениваются как «вредительские факты».
Тучи над работниками Военпрома сгущались. Чувствуя это, Толоконцев подает заявление об отставке. Помимо многочисленных претензий к работе ГВПУ, этот орган выступает еще как естественный наследник ГУВП — «рассадника вредительства». Толоконцев, теперь уже бывший глава ГВПУ, замененный М.Г. Урываевым, в упомянутом докладе о работе военной промышленности на заседании Политбюро ЦК ВКП (б) 27 апреля 1929 г. пытался как-то ослабить предъявляемые обвинения. Возражая Павлуновскому на то, что в аппарате засели старые генералы, он отвечал, что это сильно преувеличено, их всего несколько человек. Что же касается Михайлова, то он всегда казался просоветски настроенным, активно выступал с докладами на партийных собраниях, благоприятно воспринимал критику. Он, говорил Толоконцев, первый среди работников Военпрома отмежевался от шахтинцев. Вообще, говорил он, Павлуновский в своих нападках удивляет. В одном месте он писал, что военная промышленность имеет полные мощности для мобплана литеры «С», что является незаслуженным комплиментом, и параллельно обвинял ВПУ в сокращении мощностей. Позицию Павлуновского Толоконцев определил как вредную, которая не дает правильного освещения положения в военной промышленности. (В апрельском письме в адрес ПБ Павлуновский писал о хаосе, расхлябанности, катастрофическом положении в военной промышленности, заявлял, что выполнение мобилизационного плана по литере «С» висит на волоске, что оборонная трехлетка превращается в пятилетку). На самом деле вредителям, заключал Толоконцев, не удалось подорвать дело обороны
