Однако в конце 1948 года Молотов был опорочен поведением своей жены. Жена В.М. Молотова Полина Жемчужина, она же Пери Семеновна Карповская, оказалась причастной к деятельности ЕАК. Дружба Жемчужиной с Лозовским, Михоэлсом и Фефером не была секретом, и она оказывала покровительство Еврейскому театру в Москве. Но главным обвинением была встреча Жемчужиной с Голдой Меир. На приеме, который Молотов устраивал в Кремле 7 ноября 1948 года для иностранных дипломатов, Полина познакомилась с Голдой Меир и беседовала на идиш не только с Голдой, но и с ее дочерью. «Я дочь еврейского народа», — заявила Жемчужина. МГБ стало следить за Жемчужиной и нарыло компромат о том, что еще до ноября 1948 года Жемчужина будто бы имела половой акт с электриком. Видимо, Сталин показал некоторые из обвинений Молотову, так как Молотов по требованию Сталина оформил развод с женой, и Жемчужина переехала жить к брату — В.И. Карповскому. 29 декабря 1948 года Полина Жемчужина была исключена из членов ВКП(б). Молотов голосовал вместе с другими за исключение.
Полину Жемчужину обвинили в тривиальной коррупции в период пребывания на посту начальника главка Министерства легкой промышленности РСФСР. Было создано самостоятельное дело о служебных злоупотреблениях, и в связи с этим арестовали несколько бывших сотрудников Жемчужиной, которые дали нужные показания. Кстати, усилиями Берии Жемчужина была спасена от расстрела — она была активным участником ЕАК, большинство членов которого расстреляли. «А ведь могла бы и загреметь», — отметил себе в памяти Берия. Жемчужина участвовала в антисоветской акции около синагоги в сентябре 1948 года (УК, статья 58-1а). Она распространяла слухи об убийстве Михоэлса (статья 58–10: антисоветская пропаганда и агитация.). Она работала с членами ЕАК (статья 58–11: организационная деятельность, направленная к подготовке или совершению контрреволюционных выступлений). Приговор, вынесенный через несколько месяцев заочно, через Особое совещание МГБ СССР, был сравнительно мягким. Жемчужину приговорили к ссылке на 5 лет в Кустанайскую область в Казахстане.
28 января 1949 года Жемчужину арестовали. По решению Особого совещания ее выслали в Кустанайскую область. В дипломатических кругах в Москве арест жены Молотова не мог остаться неизвестным. Арест жены создавал проблемы для частых выездов за границу, встреч с лидерами других стран, пресс-конференций и поддержания статуса второго после Сталина человека в советской иерархии власти. В создавшихся условиях руководство Молотовым внешней политикой Советского Союза было уже невозможно. 4 марта 1949 года Молотов был заменен на посту министра иностранных дел Вышинским. Сам же Молотов, который поддержал назначение Вышинского министром иностранных дел, возглавил бюро СМ по металлургии и геологии, а потом бюро по транспорту и связи. Имя Молотова выплыло в конце 1949 года в связи с Ленинградским делом. Его обвинили в покровительстве Вознесенскому, Кузнецову, Попкову, Родионову. Однако Молотову удалось отбиться. Но все же он оставался первым замом предсовмина вплоть до 1950 года, когда Сталин заменил его Булганиным.
