Мозговая кора регулирует активность как соматической, так и автономной системы. Если говорить о вегетативных функциях, то особенно выраженно они представлены в наиболее старых и молодых областях мозговой коры, т. е. в обонятельном мозгу (visceral brain) и в так наз. префронтальной коре (часть лобных долей, лежащая спереди от двигательного поля).
Нейрофизиологические исследования указывают на проекционную роль префронтальной коры для внутренних органов, к ней притекают сигналы от висцерорецепторов (рецепторов внутренних органов). Приток сигналов из внутренних органов в префронтальную часть коры, по-видимому, несущественен для сохранения их правильной деятельности. Перерезка волокон, соединяющих гипоталамус с префронтальной корой, какая имеет место при лоботомии, а следовательно волокон висцерорецепторной проекции, в которой, как и во всех проекциях, поток сигналов двунаправленный от рецептора до проекционного поля и от проекционного поля к рецептору, не приводит к видимым нарушениям в функционировании внутренних органов. Корковый анализатор висцеральных функций не играет, следовательно, той роли, что корковые анализаторы соматических функций. Разрушение корковых проекционных полей для экстерорецепторов и проприорецепторов (рецепторы органов движения — мышц, сухожилий, органа равновесия) приводит, как известно, к очень большим нарушениям, а у человека вообще к исчезновению функции данного органа чувств. Можно предполагать, что управление функциями внутренних органов не требует интеграции префронтальной коры; рефлекторная дуга здесь более короткая, ее самый высокий центр находится в гипоталамусе и в обонятельном мозгу, а отрезок гипоталамус — мозговая кора составляет как бы дополнение, без которого регуляция внутренними органами может и далее протекать без нарушений.
Хотя сигналы изнутри тела притекают в мозговую кору, однако они не проникают в сознание, во всяком случае не тем способом, как это делается с сигналами, исходящими с поверхности тела и внешней среды. Ощущения, исходящие из внутренних органов, туманные и человек не знает точно, где и когда что-то происходит, и поэтому не может регулировать активностью этих органов. Сознание процессов, происходящих внутри организма, ограничивается неясными приятными или неприятными ощущениями различной степени от пароксизма боли до пароксизма роскоши. Локализация этих ощущений, как правило, неопределенная. Можно при помощи соответственных упражнений достичь большей способности управления вегетативными функциями, как это делают индусские йоги, однако обычный человек не сумеет актом воли влиять на сердечную акцию, червеобразные кишечные движения, — , основной обмен и т. д.
