В связи с итогами референдума возникли две проблемы: внесение изменений в Закон о выборах депутатов Жогорку Кенеша (ведь выборы, назначенные на 5 февраля 1995 г., никто не отменял) и конституционное оформление новой структуры Жогорку Кенеша, определение полномочий его палат. Первая проблема была решена путем принятия соответствующих президентских указов, некоторые вопросы проведения выборов нашли разъяснение в Письме Президента «О решении спорных вопросов, связанных с применением пункта 4 статьи 56 Конституции Кыргызской Республики». Таким образом, выборы депутатов Законодательного собрания и Собрания народных представителей проходили на основе Закона «О выборах народных депутатов Жогорку Кенеша Кыргызской Республики», принятого парламентом 12 января 1994 г., ряда указов Президента и постановлений Правительства.
Что же касается дополнений и изменений к Конституции по итогам референдума, то эта проблема требовала более глубокой проработки. Прежде всего речь шла об определении полномочий каждой из палат парламента и размежевании их функций. Требовали уточнения (или пересмотра) и некоторые другие нормы.
Для подготовки соответствующих предложений указом Президента от 27 октября 1994 г. была образована Конституционная сессия в составе Президента, председателя Правительства, Председателя Жогорку Кенеша, бывшего Председателя Президиума Верховного Совета, председателя Совета судей, Государственного секретаря, глав региональных госадминистраций и председателей региональных кенешей, представителей местных сообществ, политических партий, профсоюзов, фермеров, предпринимателей, молодежи, женщин и др. Строго говоря, созданный орган не был конституционным, он носил скорее характер общественного совещательного органа. К тому же Конституционная сессия оказалась слишком громоздкой, политически разнородной, а порой и внутренне антагонистичной.
Но рабочая группа Конституционной сессии подготовила проект соответствующего Закона, а 13 января 1995 г. он был опубликован. Между тем состоялись выборы обеих палат Жогорку Кенеша, депутаты активно включились в обсуждение и доработку законопроекта. В конце концов, трехсторонняя согласительная комиссия пришла к выводу, что проект Закона о внесении дополнений и изменений в Конституцию окончательно доработан и подлежит законодательному рассмотрению. Но тут возникли новые трудности.
Конституция предусматривала рассмотрение Жогорку Кенешем подготовленного законопроекта после соответствующего заключения Конституционного суда. Но Основной Закон исходил из наличия однопалатного парламента, тогда как уже существовал двухпалатный. Процедуру внесения дополнений и изменений в Конституцию двухпалатным парламентом предстояло еще разработать. Таким образом, возник вопрос о полномочиях палат, но именно об этом в первую очередь и шла речь в подготовленном проекте Закона. Что же касается Конституционного суда, то он не мог приступить к исполнению своих полномочий, так как затягивалось принятие им присяги.
