Ухудшение отношений евреев с греками привело к появлению первого в истории антисемитского документа – сочинения жреца Манефона (III век до новой эры), с которого брали пример его последователи.
Переход Египта под власть Рима негативно отразился на положении евреев, особенно в Александрии, где они стали жертвами погромов: их убивали, оскверняли синагоги, а римский наместник как-то раз собрал 40 видных евреев и устроил им публичную порку.
После разрушения Второго Иерусалимского храма египетские евреи были обложены специальным подушным налогом, а их восстание подавлено жесточайшим образом: от еврейской общины почти ничего не осталось.
Только после арабского завоевания Египта (640 год) евреи снова пришли туда, восстановив свою автономию, а с ней – социальную и культурную силу. При этом египетские евреи, как и во всех мусульманских странах, получили от арабов оскорбительный статус «зимми», официально сделавший их людьми второго сорта. За ними признавалось право на жизнь, собственность и свободу вероисповедания, но им запрещалось вступать в брак с мусульманами, они были обязаны платить подушный налог и носить желтые головные накидки. Но даже в таком положении евреи устраивали роскошные приемы за закрытыми дверями, а по субботам развлекались состязанием голубей.
Тем не менее, выбирая между христианскими правителями в других странах и египетскими халифами, многие еврейские ученые переселились в Египет. В их числе был великий Маймонид, который совмещал пост врача при дворе халифа с должностью главы еврейской общины, а его непререкаемый авторитет сделал Египет центром притяжения евреев всего мира.
Приход к власти мамлюков в середине XIII века снова ухудшил положение евреев: власти закрыли синагоги и ввели государственную торговую монополию, лишив евреев источников пропитания. Они бежали из Египта, где от 12 000 евреев осталось не более 1000.
В конце XV столетия еврейское население Египта составляло 5000 человек и вскоре значительно увеличилось за счет изгнанников из Испании и Португалии.
В 1517 году исторический маятник качнулся в другую сторону: присоединение Египта к Османской империи вернуло евреям благоволение властей, правда, всего на полвека. Чем деспотичнее становилась власть, тем больше уходила в тень еврейская община, не ожидавшая ничего, кроме новых налогов и гонений. Так и продолжалось до конца XIX века.
За счет притока европейских евреев община увеличилась до 25 000 человек (по переписи 1897 года) и продолжила расти за счет евреев, высланных турками из Эрец-Исраэль с началом Первой мировой войны.
