Закрепление ислама на полуострове относится еще к тому времени, когда Крым был к одним из улусов Золотой Орды. Особенно усилились позиции новой религии по отношению к традиционному монгольскому тенгризму в период правления хана Узбека (1312–1341 гг.), и с того времени они фактически не оспаривались. Когда же со второй половины 1470-х гг. была установлена вассальная зависимость Крымского ханства от Османской империи, любые посягательства на мусульманскую религию стали окончательно невозможны, ведь османский султан считался преемником праведных халифов и выступал, по отношению к хану и его подданным, ставленником самого Аллаха.
В итоге, в Крымском ханстве, под покровительством татарского и османского правителей, постепенно вызрела и закрепилась целостная система мусульманского духовенства с его проповедниками и богословами, судьями и знатоками законов, учителями духовных школ медресе и служителями молельных домов мечетей. Как уже отмечено выше, важнейшую роль в иерархии мусульманского духовенства играли муфтии, главным из которых был верховный муфтий (шейх-уль-ислам), проживавший в Бахчисарае. Несмотря на то что на полуострове были представлены муфтии всех четырех важнейших суннитских правовых школ, верховным обычно считался муфтий ханифитский. Ханские ярлыки обеспечивали ему и другим духовным лицам разного рода иммунитеты, а в XVIII в. на содержание муфтия и других представителей духовенства также выделялись значительные суммы из государственной казны. Вакуфные земли, которые нельзя было отчуждать, неуклонно увеличивались – если в конце XV в. их насчитывалось около 90 тысяч десятин, то к середине XVIII в. их уже было 300 тысяч десятин.
Следующими в иерархии стояли кадиаскер (военный судья) и кадии – региональные судьи округов-кадилыков, которых в ханстве поначалу было 24, а затем стало 48. Судили они согласно праву шариата, основанному на предписаниях Корана, в которых преступления и грехи были одним и тем же, чем и объясняется религиозная природа судебных разбирательств. В связи с этим преступлениями считались, например, не только кража или убийство, но также ложная клятва и супружеская измена. Наказания при этом могли быть весьма суровыми. Избирались кадии из числа улемов, бывших чтецами Корана, знатоками законов, богословами, проповедниками и мудрецами. Среди верующих они пользовались громадным авторитетом.
Происходили судебные разбирательства открыто и публично неподалеку от мечети или в другом общедоступном месте. Польский дипломат Мартин Броневский так характеризовал судебную практику, бытовавшую в Крымском ханстве: «…простые татары и чужестранцы, в присутствии судей и самого хана, который выслушивает каждого и скоро дает решение, очень свободно излагают свои жалобы… Судьи у них почитаются людьми вдохновенными, непоколебимой справедливости и честности. Они вовсе чужды всяких ссор, преступлений, судейских крючков, зависти, ненависти, честолюбия и излишней роскоши в одеянии и в домашнем быту». Главным доказательствами вины были свидетельства очевидцев, личное признание преступника и клятва. Помощниками кадиев в судебных разбирательствах были избираемые ими наибы.
