В народе распространялось мнение, что убийство царевича совершено по распоряжению царского шурина Бориса Годунова, который хотел стать царем после смерти бездетного царя Федора Ивановича и поэтому опасался конкуренции со стороны подрастающего царевича. Этой версии придерживался историк Н. М. Карамзин. В драме А. С. Пушкина «Борис Годунов» об этом прямо говорит один персонаж — юродивый. А в опере М. П. Мусоргского «Борис Годунов» в уста главного героя вложены слова: «И мальчики кровавые в глазах». Таким образом, оперный царь Борис прямо признается в убийстве бедного царевича.
Между тем это не так уже потому, что царевич Дмитрий был побочным (незаконнорожденным) сыном царя Ивана IV. С его матерью, Марией Нагой, Иван IV не был венчан, ибо она была ему уже седьмой женой, а по законам православной церкви разрешалось жениться только три раза. Сразу же после смерти Ивана IV Мария, ее сын и братья были удалены из Москвы, их поселили в Угличе. Если уж кого и стоило Борису Годунову опасаться, так это родовитых бояр, являвшихся Рюриковичами по материнской линии, — Федора Мстиславского и Василия Шуйского (ибо сам Годунов происходил из незнатного рода).
Когда еще через 7 лет умер царь Федор и Земский собор стал выбирать нового царя, Борис Годунов вначале отказался от царской короны именно в пользу Федора Мстиславского. Но когда отказался и князь Федор, а царем стал-таки Годунов, то он специальным указом запретил обоим своим опасным конкурентам жениться, чтобы не создавать впредь династических помех своим детям. Можно полагать, что убийство царевича Дмитрия могло быть выгодно этим двум родовитым князьям.
Но сложившейся ситуацией воспользовался молодой инок Григорий (Юрий) Отрепьев, назвавший себя именем погибшего царевича и под этим именем даже воссевший на московский трон. Одним из решающих этапов на пути Самозванца к трону было его «опознание» матерью, Марией Нагой, в то время монахиней Марфой. В поле близ Выксы был установлен шатер, вокруг собралась многотысячная толпа, а перед входом в шатер появились Самозванец и Марфа. Марфа сказала народу: «За 14 лет ребенок вырос и изменился. Но я, как мать, знаю, что у моего ребенка есть на попке пятнышко. Сейчас мы войдем в шатер, и я посмотрю, есть ли пятнышко и на том ли оно месте». После чего оба вошли в шатер и вскоре вышли оттуда, нежно обнимая друг друга. Добродушный народ обливался слезами умиления, плакала и Марфа, — может от радости, а может и от горя, вспоминая настоящего Дмитрия.
